Ως Διάδοχος των Ρωμαίων Καισάρων ο Ιουστινιανός θεωρούσε καθήκον του να ανασυγκροτήσει τη Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία, ενώ συγχρόνως ευχόταν να μπορέσει να καθιερώσει στο Κράτος του ενιαία νομοθεσία και ενότητα πίστεως. «Ένα Κράτος, μία Νομοθεσία, μία Εκκλησία» - αυτή υπήρξε, με λίγα λόγια, όλη η γραμμή της πολιτικής του Ιουστινιανού. Στηρίζοντας τις αρχές του στην απόλυτη εξουσία, πίστευε ότι, σε ένα καλά οργανωμένο Κράτος όλα υπόκεινται στην εξουσία του Αυτοκράτορα. Έχοντας πλήρη επίγνωση του ότι η Εκκλησία μπορούσε να χρησιμεύσει ως ισχυρό όπλο στα χέρια του Κράτους, έκανε κάθε προσπάθεια να την υποτάξει. Οι ιστορικοί προσπάθησαν να αναλύσουν τα κίνητρα που οδηγούσαν τον Ιουστινιανό στην εκκλησιαστική του πολιτική άλλοι κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι γι' αυτόν η πολιτική είχε πρωτεύουσα θέση και ότι η θρησκεία ήταν απλός υπηρέτης τού Κράτους, ενώ άλλοι πιστεύουν ότι «αυτός, ο δεύτερος Μέγας Κωνσταντίνος, ήταν έτοιμος να ξεχάσει τα διοικητικά του καθήκοντα οπουδήποτε προέκυπταν εκκλησιαστικά ζητήματα. Επιθυμώντας να είναι απόλυτος κύριος της Εκκλησίας o Ιουστινιανός δεν ήθελε απλώς να κρατεί στα χέρια του την εσωτερική διοίκηση και την τύχη του κλήρου - ανώτερου και κατώτερου - αλλά, επίσης, θεωρούσε δικαίωμά του να καθορίσει ένα ορισμένο δόγμα για τους υπηκόους του. Οι θρησκευτικές προτιμήσεις του Αυτοκράτορα έπρεπε να ακολουθούνται από όλους. Ο Αυτοκράτορας του Βυζαντίου είχε το δικαίωμα να ρυθμίζει την ζωή του κλήρου, να απονέμει, κατά την κρίση του, τα ανώτατα εκκλησιαστικά αξιώματα και να παρουσιάζεται ως κριτής τών υποθέσεων του κλήρου προς τον οποίο συχνά έδειξε την συμπάθειά του προστατεύοντάς τον και προοθώντας την ανέγερση νέων εκκλησιών και μοναστηριών, στα οποία παραχώρησε ειδικά προνόμια. Επίσης κατέβαλε μεγάλες προσπάθειες για να πετύχει ενότητα πίστεως ανάμεσα στους υπηκόους του. Συχνά έλαβε μέρος στις δογματικές διαμάχες αποφασίζοντας για αμφίβολα δογματικά ζητήματα. Η τακτική αυτή της αναμίξεως της κοσμικής εξουσίας στα θρησκευτικά και εκκλησιαστικά ζητήματα και της εισχωρήσεώς της και στις πιο απόκρυφες περιοχές των θρησκευτικών πεποιθήσεων των ατόμων είναι γνωστή στην ιστορία ως Καισαροπαπισμός. Ο δε Ιουστινιανός μπορεί να θεωρηθεί ως ένας από τους πιο χαρακτηριστικούς αντιπροσώπους της καισαροπαπικής τάσεως. Κατά την γνώμη του, o Αρχηγός του Κράτους έπρεπε να είναι συγχρόνως Καίσαρ και Πάπας, συνδυάζοντας στο άτομό του κάθε κοσμική ή πνευματική εξουσία. Οι ιστορικοί που τονίζουν την πολιτική πλευρά της δράσεως του Ιουστινιανού, υποστηρίζουν ότι βασικό κίνητρο του Καισαροπαπισμού του υπήρξε η επιθυμία να διασφαλίσει την πολιτική του εξουσία, να ενισχύσει την διακυβέρνηση και να βρει θρησκευτική υποστήριξη για την διατήρηση του θρόνου, τον οποίο κατά τύχη απέκτησε.
Ο Ιουστινιανός είχε λάβει μια πολύ καλή θρησκευτική αγωγή. Ήξερε πολύ καλά την Αγία Γραφή, του άρεσε να συμμετέχει σε θρησκευτικές συζητήσεις και έγραψε αρκετούς εκκλησιαστικούς ύμνους. Οι θρησκευτικές συγκρούσεις του φαίνονταν επικίνδυνες και από πολιτική άποψη ακόμη, γιατί απειλούσαν την ενότητα τής Αυτοκρατορίας.
Αν και οι δύο προκάτοχοι του Ιουστίνου και του Ιουστινιανού - ο Ζήνων και ο Αναστάσιος - ακολούθησαν μια τακτική ειρηνικών σχέσεων με την Μονοφυσιτική Εκκλησία της Ανατολής, απομακρυνόμενοι από την Εκκλησία της Ρώμης, ο Ιουστίνος και ο Ιουστινιανός, σταθερά, υποστήριξαν την «Δυτική » Εκκλησία, με την οποία αποκατέστησαν φιλικές σχέσεις. Η κατάσταση αυτή όμως αποξένωσε τις Ανατολικές Επαρχίες, πράγμα που δεν συμφωνούσε με τα σχέδια του Ιουστινιανού, o οποίος τόσο πολύ επεδίωκε την καθιέρωση ενιαίας πίστης στην τεράστια Αυτοκρατορία του. Η επίτευξη εκκλησιαστικής ενότητας μεταξύ Ανατολής και Δύσης και μεταξύ Αλεξανδρείας, Αντιοχείας και Ρώμης ήταν αδύνατη. «Η διακυβέρνηση τού Ιουστινιανού - όπως λέει ένας ιστορικός - στην εκκλησιαστική της πολιτική υπήρξε ένας διπρόσωπος Ιανός που, με το ένα πρόσωπο στραμμένο προς την Δύση, ζητούσε οδηγίες από την Ρώμη, ενώ με το άλλο, κοιτώντας προς την Ανατολή, ζητούσε την αλήθεια από τους μοναχούς της Συρίας και της Αιγύπτου.
Βασικός σκοπός της εκκλησιαστικής πολιτικής του Ιουστινιανού, από τις αρχές της βασιλείας του, ήταν η δημιουργία στενών σχέσεων με την Ρώμη και για τον λόγο αυτό παρουσιάσθηκε ως υπερασπιστής της Συνόδου της Χαλκηδόνος, της οποίας τις αποφάσεις δεν δέχονταν οι Επαρχίες της Ανατολής. Κατά την διάρκεια της βασιλείας του Ιουστινιανού η Ρώμη απέκτησε υπέρτατη εκκλησιαστική εξουσία. Γράφοντας στον Επίσκοπο Ρώμης ο Ιουστινιανός τον προσφωνεί «Πάπα», «Πάπα Ρώμης», «Αποστολικό Πατέρα», «Πάπα και Πατριάρχη» κ.λπ. και o τίτλος του Πάπα απεδίδετο αποκλειστικά στον Επίσκοπο της Ρώμης. Σ' ένα γράμμα προς τον Πάπα o Αυτοκράτορας τον προσφωνεί ως «Κεφαλή όλων των Αγίων Εκκλησιών (caput omnium sanctarum ενώ σε μία από τις Νεαρές, καθαρά αναφέρει ότι ο Αρχιεπίσκοπος της Νέας Ρώμης (Κωνσταντινουπόλεως) κατατάσσεται δεύτερος, ύστερα από την Αγία Αποστολική Έδρα της Παλαιάς Ρώμης.
O Ιουστινιανός ήλθε αντιμέτωπος με τους Ιουδαίους, τους ειδωλολάτρες και τους αιρετικούς, στους οποίους συμπεριλαμβάνονταν οι Μανιχαίοι, οι Νεστοριανοί, οι Μονοφυσίτες, οι Αρειανοί και αντιπρόσωποι άλλων, λιγότερο σημαντικών θρησκευτικών δογμάτων. Ο Αρειανισμός είχε ευρύτατα διαδοθεί, στη Δύση, ανάμεσα στους Γερμανούς. Υπολείμματα τής ειδωλολατρίας υπήρχαν σε διάφορα μέρη της Αυτοκρατορίας και οι ειδωλολάτρες θεωρούσαν ακόμη ως κέντρο τους τη Σχολή των Αθηνών. Οι Ιουδαίοι και οι οπαδοί μικρότερων αιρετικών κινήσεων είχαν συγκεντρωθεί κυρίως στις επαρχίες της Ανατολής.
Ο αγώνας εναντίον τών Αρειανών, στη Δύση, έλαβε τη μορφή στρατιωτικών επιχειρήσεων, που τελείωσαν με την ολική ή μερική καθυπόταξη των βασιλείων των Γερμανών. Με βάση την πεποίθηση του Ιουστινιανού ότι ήταν απαραίτητη μία ενιαία, για όλη την Αυτοκρατορία, πίστη, δεν μπορούσε να υπάρξει καμιά ανεκτικότητα για τους αρχηγούς των άλλων θρησκειών ή αιρετικών διδασκαλιών, οι οποίοι, επί Ιουστινιανού, υπέστησαν φοβερούς διωγμούς τόσο από τις στρατιωτικές όσο και από τις πολιτικές αρχές.
Το κλείσιμο της Σχολής των Αθηνών
Ο Ιουστινιανός, θέλοντας να ξεριζώσει τελείως τα υπολείμματα της ειδωλολατρίας, έκλεισε, το 529, την περίφημη φιλοσοφική Σχολή των Αθηνών - την τελευταία δηλαδή έπαλξη του εξασθενημένου ειδωλολατρισμού - της οποίας η παρακμή είχε ήδη αρχίσει αφ' ότου o Θεοδόσιος Β', τον 5ο αιώνα, οργάνωσε το Πανεπιστήμιο της Κωνσταντινουπόλεως. Πολλοί από τους καθηγητές τής Σχολής εξορίσθησαν και η περιουσία της κατεσχέθη. Όπως γράφει ένας ιστορικός, «τον ίδιο χρόνο που ο Άγιος Βενέδικτος κατέστρεψε το τελευταίο ειδωλολατρικό ιερό στην Ιταλία, τον ναό τού Απόλλωνος δηλαδή, στο ιερό άλσος του Monte Cassino, καταστράφηκε στην Ελλάδα το προπύργιο του κλασικού ειδωλολατρισμού. Την ημέρα που έκλεισε η Σχολή των Αθηνών, η πόλη αυτή έχασε, οριστικά, την παλαιά της σπουδαιότητα, ως πνευματικού κέντρου, και μετεβλήθη σε μια δευτερεύουσας σημασίας πόλη. Μερικοί από τους φιλοσόφους της Σχολής αποφάσισαν να μεταναστεύσουν στην Περσία, όπου, όπως είχαν ακούσει, ο Χοσρόης ενδιαφερόταν για τη φιλοσοφία. Εκεί έγιναν δεκτοί με πολλή συμπάθεια, αλλά η ζωή στην ξένη αυτή χώρα ήταν αφόρητη για τους Έλληνες, τους οποίους ο Χοσρόης αποφάσισε να στειλει πίσω στην Ελλάδα, αφού προηγουμένως συμφώνησε με τον Ιουστινιανό να μην διωχθούν ούτε να υποχρεωθούν διά τής βίας να ασπαστούν τη χριστιανική πίστη. Ο Ιουστινιανός τήρησε την υπόσχεσή του και οι ειδωλολάτρες φιλόσοφοι πέρασαν την υπόλοιπη ζωή τους στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία ειρηνικά και δίχως διωγμούς. Ο Ιουστινιανός δεν πέτυχε να ξεριζώσει τελείως την ειδωλολατρία, η οποία συνέχισε να υφίσταται, κρυφά, σε απομακρυσμένα μέρη.
Οι Ιουδαίοι και οι Σαμαρείτες της Παλαιστίνης, μη μπορώντας να συνδιαλλαγούν με το κράτος, επαναστάτησαν για να καταβληθούν όμως γρήγορα και σκληρά. Πολλές συναγωγές καταστράφηκαν, ενώ σε αυτές που διασώθηκαν, απαγορεύθηκε η εκ του εβραϊκού κειμένου ανάγνωση της Παλαιάς Διαθήκης, η οποία επιτρεπόταν μόνο στη γλώσσα των «Eβδομήκοντα». Αυστηρά επίσης εδιώχθησαν οι Νεστοριανοί.
Πηγή κειμένου: Α.Α. ΒΑΣΙΛΙΕΦ: ΙΣΤΟΡΙΑ ΤΗΣ ΒΥΖΑΝΤΙΝΗΣ ΑΥΤΟΚΡΑΤΟΡΙΑΣ
