Ήταν το μικρότερο παιδί του Ψαριανού Δημογέροντα Μιχαήλ Κανάριου και της Μαρώς (το γένος Μπουρέκα). Έμεινε πολύ μικρός ορφανός από πατέρα και έτσι άρχισε να δουλεύει σε πλοία συγγενών του, κυρίως σ' αυτό του θείου του Μπουρέκα. Αρχικά το όνομά του ήταν Κανάριος και τελικά έγινε Κανάρης. Όταν πέθανε ο θείος του, στου οποίου το μικρό εμπορικό πλοίο εργαζόταν, ανέλαβε καπετάνιος ο ίδιος σε ηλικία 20 ετών. Πήγε στην Οδησσό για πρώτη φορά το 1820.
Ήξερε για τη Φιλική Εταιρεία αλλά δεν είχε γίνει μέλος της. Όταν έμαθε ότι ξέσπασε η επανάσταση στη Μολδαβία από τον Αλέξανδρο Υψηλάντη, έσπευσε αυθόρμητα να πάρει μέρος στον πρώτο «πολεμικό στόλο» των Ψαριανών υπό τον Ν. Αποστόλη. Από τους πρώτους μήνες ο Κανάρης ξεχώρισε για το θάρρος του και την αποφασιστικότητά του, κάνοντας επιδρομές στα μικρασιατικά παράλια ενώ κατόπιν εντάχθηκε στα πυρπολικά. Η ανατίναξη ενός τουρκικού δικρότου στην Ερεσό από τον Δημήτριο Παπανικολή τον παρακίνησε σε ανάλογο εγχείρημα.
Ο Κανάρης θα εκδικηθεί την καταστροφή της Χίου το 1822. Τον Ιούνιο του 1822, αφού ο Ελληνικός Στόλος δεν κατάφερε να σώσει τη Χίο από την οθωμανική σφαγή, ο Κανάρης ανέλαβε να βάλει μπουρλότο στη ναυαρχίδα του Καπουδάν Πασά (στολάρχου) Nasuhzade Ali του επονομαζόμενου και Καρά Αλή λόγω της ωμότητάς του, ο οποίος ήταν επικεφαλής του στρατού που έσφαξε τους κατοίκους και έκαψε το νησί. Η επίθεση ήταν άκρως αποτελεσματική. Τα θύματα ήταν πάρα πολλά. Μεταξύ αυτών ο ναύαρχος Καρά Αλής, αξιωματικοί του και πολλοί ναύτες. Το πυρπολικό του Πιπίνου προσέγγισε την υποναυαρχίδα την οποία πυρπόλησε επιτυχώς.
Την 1η Ιουνίου, τα δύο πυρπολικά, έναν Ψαριανό με κυβερνήτη τον Κωνσταντίνο Κανάρη και ένα υδραϊκό με κυβερνήτη τον Ανδρέα Πιπίνο, ξεκίνησαν προς αναζήτηση του Οθωμανικού Στόλου. Τα δύο πυρπολικά συνόδευαν τέσσερα μπρίκια (δύο ψαριανά με πλοιάρχους τους Νικόλαο Γιαννίτση και Γεώργιο Κουτσούκο και δύο υδραϊκά με τους Ιωάννη Ζάκα και Αντώνιο Ραφαλιά), που θα αναλάμβαναν τη διάσωση των πληρωμάτων μετά την πυρπόληση.
Με αρκετές προφυλάξεις, τα δύο πυρπολικά πλησίασαν τον τουρκικό στόλο, που ναυλοχούσε στη Χίο και περίμεναν την κατάλληλη ευκαιρία για να δράσουν. Επέλεξαν τη νύχτα της 6ης προς 7η Ιουνίου 1822. Ήταν μία νύχτα χωρίς φεγγάρι και οι αξιωματικοί είχαν συγκεντρωθεί στη φωταγωγημένη ναυαρχίδα του τουρκικού στόλου για να γιορτάσουν τη λήξη του Ραμαζανιού. Ο Κανάρης προσέδεσε το πυρπολικό στην ναυαρχίδα, ενώ ο Καρά Αλή επιβιβάστηκε σε λέμβο αλλά ένα φλεγόμενο κομμάτι του πλοίου τον χτύπησε στο κεφάλι και τον σκότωσε. Οι δύο χιλιάδες άνδρες του οθωμανικού πλοίου χάθηκαν σχεδόν όλοι. Ο Μπεκίρ Μπέης, που ανέλαβε τη διοίκηση του στόλου μετά το θάνατο του Καρά Αλή, αποχώρησε και δεν τόλμησε να επιτεθεί στα Ψαρά ή στην Σάμο και επέστρεψε στον Ελλήσποντο. Οι Τούρκοι στην Χίο, όταν έμαθαν για το περιστατικό, «αποτελείωσαν» το νησί, καταστρέφοντας τα Μαστιχοχώρια.
Ο Κανάρης ακόμη ανέλαβε να φέρει εις πέρας και σχέδιο προσβολής του Αιγυπτιακού Στόλου με πυρπολικά στη βάση του στην Αλεξάνδρεια. Τελικά η επιχείρηση απέτυχε λόγω της νηνεμίας που εμπόδισε τα πυρπολικά να πλεύσουν προς τον στόχο. Στις 10 Αυγούστου του 1825, ο Τομπάζης και ο Αντώνιος Κριεζής, μαζί με τα πυρπολικά του Αντωνίου Βώκου, του Μανώλη Μπούτη και του Κανάρη, έφθασαν έξω από την Αλεξάνδρεια. Ο Κανάρης θεωρώντας τον άνεμο ευνοϊκό για τα πυρπολικά σηκώνοντας ρωσική σημαία μπήκε μόνος του στο λιμάνι. Ο άνεμος όμως κόπασε ξαφνικά με συνέπεια να μην μπορεί να φθάσει τον εχθρικό στόλο. Τότε έγινε αντιληπτός από γαλλικό πολεμικό πλοίο. Ο Κανάρης έβαλε φωτιά στο πυρπολικό και μαζί με τους ναύτες του επιβιβάστηκε στη βάρκα διαφυγής. Το γαλλικό πολεμικό και τα παράκτια πυροβολεία έβαλαν εναντίον του Κανάρη χωρίς όμως επιτυχία. Ο ίδιος ο Μοχάμετ Άλι πήρε μερικά πλοία και κυνήγησε τους Έλληνες μέχρι τις ακτές της Καραμανίας χωρίς αποτέλεσμα. Εμπνευστής της καταδρομικής επιχείρησης ήταν ο Λάζαρος Κουντουριώτης. Τα Ψαρά έχουν καταστραφεί και ο Κανάρης είχε ενταχθεί στη δύναμη των Υδραίων.
Το 1826 τοποθετήθηκε κυβερνήτης του νέου πλοίου Ελλάς και το 1827 εξελέγη πληρεξούσιος των Ψαρών στη Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας. Στην απελευθερωμένη Ελλάδα ο Κανάρης θα αναλάβει πολλές φορές υπουργός και πρωθυπουργός.
Πηγή κειμένου: ΕΛΛΗΝΩΝ ΙΣΤΟΡΙΚΑ : 1821-2Ο21, 200 χρόνια από την ανάσταση του έθνους
