Γύρω στο 409 π.Χ. η πόλη εκτεινόταν στα δυτικά μέχρι τον ποταμό Ματσάρο και στα ανατολικά μέχρι το βουνό Κρόνιο, συνορεύοντας εν μέρει με την Έγεστα, με την οποία είχε συχνές διαμάχες για εδαφικές διεκδικήσεις.
H ονομασία της πόλης οφείλεται στο φυτό σέλινο, το οποίο απεικονίζεται στα νομίσματά της και αποτελούσε το έμβλημα του Σελινούντα. H αυξανόμενη δύναμη της μεγαρικής αποικίας υπήρξε αιτία διενέξεων τόσο με τους Ελύμους —οι οποίοι υποστηρίζονταν από τους Καρχηδονίους, αν και οι τελευταίοι είχαν αναπτύξει και με τους Σελινουντίους στενές εμπορικές σχέσεις— όσο και με τον Ακράγαντα, που προσπαθούσε να επεκτείνει την επικράτειά του μετά την απώλεια της αποικίας του Σελινούντα, της Ηράκλειας Μινώας.
H διένεξη του Σελινούντα με την Έγεστα προκάλεσε την επεμβαση της Αθήνας το 427 και το 415 π.Χ., και αργότερα της Καρχηδόνας, η οποία κατέστρεψε την πόλη το 409 π.Χ., εποχή κατά την οποία ο Σελινούς ήταν μια ισχυρή πόλη, ένας σκληρός αντίπαλος. Μετά το 383 π.Χ. οι Καρχηδόνιοι, που είχαν ήδη καταλάβει το αστικό κέντρο περιορισμένο πια μόνο στην ακρόπολη, παρέδωσαν την πόλη στους Συρακούσιους Ερμοκράτη και Διονύσιο. Τελικα το 205 π.Χ, ο Σελινούς καταστράφηκε ολοσχερώς και οι κάτοικοι μεταφέρθηκαν οτο Λιλύβαιο.
Οι πρώτοι άποικοι εγκαταστάθηκαν μάλλον στο νότιο άκρο της ακρόπολης, πολύ σύντομα όμως οι εγκαταστάσεις εξαπλώθηκαν και στους γύρω λόφους. Στα τέλη του 7ου αι. π.Χ. είχε οριοθετηθεί η αστική περιοχή —τα όριά της θα παρέμεναν αναλλοίωτα στους επόμενους δύο αιώνες—, και ο διαχωρισμός ανάμεσα στα ιερά κέντρα εντός της πόλης και στα αγροτικά ιερά ήταν σαφής. Οι προστάτιδες θεότητες της πόλης λατρεύονταν στο κέντρο της ακρόπολης, οι ολύμπιοι θεοί στον ανατολικό λόφο, και πιο συγκεκριμένα στον ναό E της πρώτης περιόδου, και οι Χθόνιες θεότητες (οι θεοί του Κάτω Κόσμου) στην ιερή περιοχή της Μαλοφόρου στη δυτική όχθη του ποταμού Σελινούντα, όπου είχε κτιστεί το πρώτο μεγαρον. Οι τοίχοι των μικρών σπιτιών των πρώτων αποίκων ήταν κατασκευασμένοι από λίθινα συμπλέγματα, τα οποία στηρίζονταν πάνω σε μεγάλους ακανόνιστους λίθινους όγκους. Στον ανατολικό λόφο, η τειχοποιία συνίστατο σε ένα κανονικό πλέγμα από λίθινες πέτρες διαφορετικού μεγέθους, οι οποίες ήταν τοποθετημένες εναλλάξ, πότε από τη μεγάλη πλευρά και πότε από τη μικρή, χαρακτηριστικό της καρχηδονιακής τεχνοτροπίας. Η νεκρόπολη εκτεινόταν αρχικά στις νοτιοανατολικές απολήξεις του οροπεδίου της Μανούτσα, ενώ οτη συνέχεια κατέλαβε το ύψωμα της Γκαλέρα προς βορρά και την περιοχή από την ακρόπολη έως τον ποταμό Σελινούντα και τη Μαλοφόρο. Στις πρώτες δεκαετίες του 6ου αι. π.Χ. η ακμάζουσα πόλη, διοικούμενη από μια ισχυρή ολιγαρχία, αναπτύχθηκε σύμφωνα με έναν μεγαλεπήβολο αστικό σχεδιασμό, ο οποίος βασίστηκε στην ισομερή σύνθεση διαφόρων συστημάτων. Το οδικό πλέγμα αναπτυσσόταν κατά μήκος δύο αξόνων διαφορετικής κατεύθυνσης που ακολουθούσαν τη φυσική κλίση του εδάφους. Μεταξύ του 580 και του 570 π.Χ η αρχική όψη του Σελινούντα άλλαξε αφού επανασχεδιάστηκε σύμφωνα με νέο πολεοδομικό σχέδιο. Καποιο φυσικό φαινόμενο, ίσως ένας ισχυρός σεισμός, αποτέλεσε την αιτία του επανασχεδιασμού. Ο λόφος της ακρόπολης οργανώθηκε με βάση αφενός τον φυσικό μεσαίο άξονα από βορρά προς νότο και αφετέρου τον άξονα που εκτεινόταν από ανατολικά προς δυτικά, ο οποίος ένωνε τα δύο λιμάνια και σηματοδοτούσε τσ όριο ανάμεσα στην «αστική» περιοχή της πρώτης εγκατάστασης των αποίκων και στην ιερη περιοχή στο κέντρο του λόφου. Από τον 7ο αι. π.Χ., η ιερή αυτή περιοχή διέθετε ήδη ναΐσκους, ενώ αργότερα «απομονώθηκε» στη βόρεια πλευρά από μια μεταγενέστερη οδική αρτηρία, με κατεύθυνση από ανατολή προς δύση (δρόμος F). Με βάση αυτή την κατευθυντήρια γραμμή έγινε ο σχεδιασμός των οικοδομικών τετραγώνων της βόρειας πλευράς της ακρόπολης μέχρι το υψίπεδο της Μανούτσα. Κατά την αναδόμηση και διεύρυνση του τεμένους (ιερή περιοχή , που οριζόταν στη δυτική του πλευρά από τον άξονα βορρά-νότου, εκεί όπου τελείωναν οι νέοι ναοί που ήταν αφιερωμένοι στις προστάτιδες θεότητες της πόλης, κατασκευάστηκαν δύο άνδηρα, διαφορετικών διαστάσεων, πάνω στους απόκρημνους βράχους της ανατολικής πλευράς του λόφου, τα οποία στηρίχθηκαν σε δύο ογκώδεις τοίχους και συνδέονταν μεταξύ τους με σκαλοπάτια. Ετσι, το ανατολικό όριο του περιβόλου ευθυγραμμίστηκε με τον δρόμο από βορρά προς νότο, ο οποίος ξεκινούσε από το λιμάνι στις εκβολές του Κοτόνε, διασταυρωνόταν με το νότιο όριο του ιερού Χώρου και όριζε με αυτό τον τρόπο το νέο ανατολικό όριο. Στον δρόμο F ο ιερός περίβολος απαρτιζόταν από ένα τείχος 150μ., με κατεύθυνση από ανατολικά προς δυτικά.
Το οδικό δίκτυο πανω οτην ακρόπολη οριζόταν από στενωπούς πλάτους περίπου 3.50μ, παράλληλες με τον δρόμο F, ενώ η βασική αρτηρία από βορρά προς νότο είχε πλάτος 9, 14 μ. Οσον αφορά το υψίπεδο της Μανούτσα, ο άξονας που κατηφόριζε από βορειοδυτικά προς την αρχαία νεκρόπολη ήταν εκείνος που καθόριζε τη δημιουργία των οικοδομικών τετραγώνων. O άξονας αποτελείτο από καλά πατημένο χώμα με άμμο πάνω στο βραχώδες έδαφος, όπως και οι υπόλοιποι δρόμοι της πόλης. Ανάμεσα στο 560 και στο 540 π.Χ. μέρος του μεγάλου πλούτου της πόλης διατέθηκε για δημόσια έργα και η πόλη απέκτησε μεγαλειώδη όψη, αποκαλύπτοντας την αφθονία οικονομικών πόρων, αλλά και τη δραστηριότητα άριστων αρχιτεκτόνων και τεχνιτών. Παράλληλα, δείχνει την τάση των πολιτικών του Σελινούντα για αυτοπροβολή. H χαλικόστρωση του οδικού άξονα της ακρόπολης και του δρόμου F κατέστη επιτακτική, λόγω της μεταφοράς υλικών πολύ μεγάλου βάρους από τα λατομεία της Κούζα στον βορρά, για την οικοδόμηση του ναού C. Ένα νέο ανάχωμα συνιστούσε τη βάση για την κατασκευή ενός πολύ μεγάλου ανδήρου, στην ανατολική πλευρά του τεμένους, που στηριζόταν σε μια κλιμακωτή κατασκευή ύψους 9,80 μ., η οποία ακολουθούσε στην αρχή τη φυσική καμπύλη γραμμή του λόφου, στο άκρο του όμως άλλαζε κατεύθυνση προς τα βορειοδυτικά, χωρίς να ολοκληρώνει τον κύκλο του περιβόλου. O ογκώδης τοίχος κατέληγε σε αψιδωτό περίστυλο στην κορυφή. Στη συνέχεια, η βορειοανατολική γωνία του ιερού χώρου συνδεόταν με τον δρόμο F με ένα νέο άνδηρο, πιο χαμηλό, όπου αργότερα θα κτίζονταν οι καρχηδονιακές κατοικίες σε διαφορετικά επίπεδα. Έτσι, λοιπόν, μετά την ολοκλήρωση αλεπάλληλων επεκτάσεων και έργων στήριξης, η εξ ανατολών πρόσβαση στην ιερή περιοχή γινόταν μέσω μιας διαδρομής από ανισόπεδες επιφάνειες, διαδοχικά άνδηρα και μια μεγάλη σκάλα στο τέλος, που οδηγούσε απευθείας στη θέα της πλαϊνής πλευράς ναού C και του του, την ίδια θέα που θα είχε κάποιος μπαίνοντας στον ιερό περίβολο από τη νότια είσοδο. Γυρω στο 480 π.X. o ιερός χώρος της ακρόπολης πλησίαζε στην ολοκλήρωσή του, όπως επίσης και οι βόρειες συνοικίες με τις κατοικίες των εύπορων πολιτών.
Ο ναός C, η νότια πλευρά του οποίου αποκαταστάθηκε με αναστήλωση των κιόνων και του θριγκού κατά τη δεκαετία του 1960, δεσπόζει πάνω στην ακρόπολη και είναι ο σημαντικότερος ναός του Σελινούντα. Αφιερωμένος στον Απόλλωνα, κτίστηκε το 560 π.Χ., στη θέση προϋπάρχοντος κτίσματος. O ναός, στενός και επιμήκης, χωριζόταν σε τρία μέρη, είχε άδυτο στην πίσω πλευρά και τέσσερις κίονες στην πρόσοψη του πρόναου. Το δωρικό περιστύλιο αποτελείτο από έξι κίονες στις στενές πλευρές και δεκαεπτά στις μακριές: οι κίονες της νότιας πλευράς είναι ακέραιοι, ενώ της βόρειας είναι διαιρεμένοι στους σπονδύλους τους. Μπροστά στην είσοδο του ναού βρισκόταν ο βωμός, που ήταν προσανατολισμένος στην ανατολή. Σημαντικές είναι οι τρεις μετόπες που σώζονται και οι οποίες βρίσκονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Παλέρμο. Απεικονίζουν τον Απόλλωνα με την Αρτεμη.
O σχεδιασμός του ναού ήταν όμοιος με εκείνον του ναού C, με μοναδικές εξαιρέσεις την απουσία κιόνων μπροστά στον πρόναο και τους δύο κίονες εν παραστάσι, καθώς και το περιστύλιο των 6 ×18 κιόνων. Το τέμενος περιλάμβανε επίσης και το λεγόμενο μέγαρον. Από το 490 μέχρι το 460 π.Χ. άλλοι δύο ναοί προστέθηκαν στην ακρόπολη: ένας ναΐσκος, ιδιαίτερα επιμήκης και στενός, διαιρεμένος σε τρία μέρη, του οποίου το μπροστινό μέρος χωριζόταν από δύο κίονες, και ο μικρότερος ναός B, ο δωρικός θριγκός του οποίου στηριζόταν σε κίονες ιωνικού ρυθμού. Επίσης, υπήρχαν κτίσματα διαφόρων υπηρεσιών.
Οι περίπτεροι ναοί O και Α, με ανατολικοδυτικό προσανατολισμό, στα νότια του ιερού περιβόλου της ακρόπολης, τυπολογικά είναι παρόμοιοι. Και οι δύο έχουν περιορισμένες διαστάσεις, συγκρινόμενοι με τους ναούς C και D, και περιλαμβάνουν έναν επιμήκη σηκό που καταλήγει στο άδυτο και έναν οπισθόδομο με δύο κίονες εν παραστάσι. Το δωρικό περιστύλιο τους αποτελείτο από 6× 14 κίονες. Με την κατασκευή του ναού D και, αργότερα των νέων ναών Α και Ο , ο ιερός χωρος διευρύνθηκε προς το νότο, και κατά συνέπεια διευρύνθηκε και ο βασικός άξονας βορρά- νότου.
Πέρα από τις όχθες του ποταμού Κοτόνε στον ανατολικό λόφο,βρίσκονταν τρεις μεγαλοπρεπείς ναοί, κτισμένοι με τον τυπικό ανατολικοδυτικό προσανατολισμό. H αναστήλωση μεγάλου μέρους από το περίστυλο του ναού F αποκάλυψε την επιβλητικότητα και το δέος που προκαλούσε αυτό το εξαιρετικό σύμπλεγμα στον αρχαίο επισκέπτη. Ο δωρικός περίπτερος ναός του πρώτου μισού του 5ου αι. π.Χ., που σώζεται ακόμη και ο οποίος πιθανολογείται ότι ήταν αφιερωμένος στην Ήρα, εμφάνιζε τη συνήθη επιμήκη μορφή του σηκού, με τον πρόναο και τον οπισθόδομο με δύο κίονες εν παραστάσι, χαρακτηριζόταν όμως από ένα ασυνήθιστο άδυτο ιδιαίτερα υπερυψωμένο. Το περιστύλιο των 6 χ 15 κιόνων διέθετε διάζωμα με τρίγλυφα και μετόπες από ασβεστόλιθο (φυλάσσονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Παλέρμο), όπου απεικονίζονται θέματα από μύθους με τις σημαντικότερες ολύμπιες θεότητες. Στις μετόπες είχαν προστεθεί, με τρόπο εντελώς πρωτότυπο, γυναικείες κεφαλές από μάρμαρο.
O ναός F του ανατολικού λόφου, λίγο μεταγενέστερος του προηγούμενου, αποδόθηκε συμβατικά στον Διόνυσο και στην τελετουργία μυστικών λατρειών στις οποίες συμμετείχαν μόνον οι μυημένοι, λόγω των ενδιάμεσων τμημάτων που υπήρχαν ανάμεσα στους κίονες του περιστυλίου αφήνοντας στενές διόδους μόνο στην πρόσοψη. Όσον αφορά τα υπόλοιπα μέρη του ναού σηκός, πρόναος , παρουσιάζουν ομοιότητες με τα αντίστοιχα του ναού C της ακρόπολης.
Το πιο φιλόδοξο και πρωτότυπο εγχείρημα στον ανατολικό λόφο υπήρξε χωρίς αμφιβολία ο γιγάντιος ναός G, αφιερωμένος στον Ολύμπιο Δία, στον οποίο διακρίνονται επιδράσεις από τους κολοσσιαίους αρχαϊκούς ναούς της Ιωνίας. Από τον συγκεκριμένο ναό σώζονται τα θεμέλια (113 × 54 μ.) και ένας τεράστιος όγκος θραυσμάτων από αρχιτεκτονικά μέλη, τα οποία βρίσκονται διάσπαρτα στον περιβάλλοντα Χώρο. Ο ναός ξεκίνησε να κτίζεται το 550 π.Χ., αλλά δεν ολοκληρώθηκε ποτέ.Το περιστύλιο, με οκτώ πελώριους κίονες στις στενές πλευρές και δεκαεπτά στις μακριές, χωριζόταν από τον εξαιρετικά επιμήκη σηκό με έναν πλατύ διάδρομο. Ο σηκός χωριζόταν κατά μήκος από δύο κιονοστοιχίες. Στο πίσω μέρος βρισκόταν ο οπισθόδομος με δύο κίονες εν παραστάσι, ενώ πριν από τον πρόναο υπήρχε μια σειρά από τέσσερις κίονες στην πρόσοψη και δύο κίονες στην κάθε πλευρά. Κατά τις ανασκαφές, στα ερείπια του ναού βρέθηκε μια επιγραφή στην οποία ήταν χαραγμένα τα ονόματα των θεοτήτων που λατρεύονταν κυρίως στον Σελινούντα (ανάμεσά τους ο Ποσειδών, ο Ηρακλής και η Δήμητρα).
Μεγάλη εντύπωση πρέπει να προκαλούσε στον επισκέπτη η ιερή περιοχή της ακρόπολης και η ιερή περιοχή του ανατολικού λόφου, Ιδιαίτερα σε αυτόν που έφθανε στον Σελινούντα από τη θάλασσα: θέαμα εντυπωσιακό, που ξεπερνούσε ακόμη και την ιερή περιοχή του αντίπαλου Ακράγαντα.
Στα μέσα του 5ου αι. π.Χ., οι μεγάλες ανατολικοδυτικές οδικές αρτηρίες που περνούσαν από τις αστικές συνοικίες — διευρυμένες προς τις όχθες των δύο ποταμών— ήταν ο ιερός δρόμος F και οι πλατείες 0 και 6 στο βόρειο άκρο της ακρόπολης, ενώ τα δημόσια κτίρια και η Αγορά βρίσκοστο κεντρικό τμήμα, που ήταν το σημείο συνάντησης διαφόρων συνοικιών με διαφορετικούς προσανατολισμούς, οι οποίοι όμως συνέκλιναν στη νοτιοκεντρική περιοχή του οροπεδίου Μανούτσα. Οι αστικές συνοικίες πρέπει να εκτείνονταν στην περιφέρεια μεταξύ του ιερού Χώρου της Μαλοφόρου και του ανατολικού λόφου, ενώ τα αμυντικά έργα κάλυπταν το βορινό μέρος της ακρόπολης και κατευθύνονταν προς την εσωτερική ζώνη της πόλης. Στα δυτικά του ποταμού Σελινούντα, στη σημερινή περιοχή Γκατζέρα, κοντά στις εκβολές του Σελινούντα και στο λιμάνι, ήδη από τον 7ο αι.π.Χ. υπήρχε ένας πολύ σημαντικός ιερός Χώρος, έδρα της λατρείας της Μαλοφόρου, Χθόνιας θεότητας της γονιμότητας, η οποία αργότερα ταυτίστηκε με τη Δήμητρα. Στον ίδιο ιερό Χώρο υπήρχε ένα μικρότερο ιερό που ήταν αφιερωμένο στον Μειλίχιο Δία, ο οποίος ήταν συνδεδεμένος οτη συνείδηση των πιστών με τη μεταθανάτια ζωή.
Στον τόπο του ιερού Χώρου βρίσκονται τα ερείπια από τα θεμέλια ενός προπυλαίου του 5ου αι.π.Χ., O ναός περιβαλλόταν από πολλούς άλλους βωμούς και ναΐσκους. Ανάμεσα στους ναΐσκους υπήρχε και ένα Εκαταίο, αφιερωμένο στη λατρεία Χθόνιων θεοτήτων. Μεταξύ των ευρημάτων από τον ιερό Χώρο συγκαταλέγεται μεγάλος αριθμός αγγείων, αναθημάτων, στηλών, προτομών, πήλινων εκμαγείων, καθώς επίσης και περίπου 12.000 αγαλματίδια θεών και ανθρώπων που προσέφεραν τα αναθήματα.
Επίσης, βρέθηκε και ένα ανάγλυφο που φέρει παράσταση από τον μύθο της Ηώς και του Κέφαλου. Όλα τα ευρήματα φυλάσσονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Παλέρμο. Στα αρχαία λατομεία της Κούζα, βόρεια του Σελινούντα, βρίσκονται μερικοί σπόνδυλοι κιόνωνπ από λαξευμένη πέτρα της περιοχής. Οι πελώριες διαστασεις και η σύσταση των σπονδύλων οδηγεί στην υπόθεση ότι προορίζονταν για τον ναό C της ακρόπολης. H γοητεία και το εξαιρετικό ενδιαφέρον που παρουσιάζει ο τόπος οφείλεται ακριβώς στην ύπαρξη της ζωντανής και εντυπωσιακής μαρτυρίας για τις τεχνικές εξόρυξης και μεταφοράς του οικοδομικού υλικού, που χρησιμοποίησαν οι κατασκευαστές του ναού στα μέσα του 6ου αι.π.Χ
