Το Ευπαλίνειο υδραγωγείο της Σάμου είναι έργο του αρχιτέκτονα και μηχανικού Ευπαλίνου του Ναυστρόφου από τα Μέγαρα, ο οποίος είχε κατασκευάσει και άλλα τέτοια έργα (Αθήνα, Κόρινθος, Μέγαρα). Όπως μας πληροφορεί ο Ηρόδοτος το Ευπαλίνειο όρυγμα ήταν ένα από τα τρία μεγαλύτερα έργα που κατασκευάστηκαν στην Ελλάδα: «τό μέν μήκος του ορύγματος έπτά στάδιοί είσι, τό δέ ύψος καί εύρος όκτώ έκάτερον πόδες' διά παντός δέ αυτού άλλο όρυγμα είκοσίπηχυ βάθος όρώρυκται, τρίπουν δέ τό εύρος, δι' ού τό ύδωρ όχετευόμενον διά σωλήνων παραγίνεται ές τήν πόλιν άγόμενον άπό μεγάλης πηγής' άρχιτέκτων δέ τοϋ όρύγματος τούτου έγένετο Μεγαρεύς Ευπαλίνος Ναυστρόφου» (3.60). Ο σχεδιασμός και η κατασκευή του έργου ήταν από τα πιο δύσκολα προβλήματα, γιατί έπρεπε να μεταφερθεί νερό στην πόλη με φυσική ροή από μεγάλη απόσταση από μια πηγή, τη σημερινή πηγή των Αγιάδων, που βρίσκεται σε ψηλότερη θέση πίσω από το βουνό, στα νώτα πόλης.
Με βάση την εμπειρία από την κατασκευή ανάλογων έργων και τη γνώση κάποιων τεχνικών οργάνων, απαραίτητων για τέτοια έργα άρχισε η ταυτόχρονη διάνοιξη, και από τις δύο πλευρές του βουνού, οριζόντιας σήραγγας μήκους 1.035 μέτρων, η οποία ολοκληρώθηκε με ακρίβεια. H κατασκευή του έργου επέβαλε, για λόγους ασφαλείας σε περίπτωση πολιορκίας τη διάνοιξη υπόγειου αγωγού, με κλίση 0,6%. Από το συνολικό μήκος του αγωγού, τα 859 μέτρα θα ήταν μέσα σε υπόγεια κτιστή τάφρο, τα 1.035 μέτρα μέσα σε σήραγγα και τα άλλα 520 μέτρα από την έξοδο της σήραγγας ως την πόλη, πάλι μέσα σε τάφρο. Το νερό συγκεντρωνόταν σε δεξαμενή κοντά στην πηγή, που η μισή ήταν κτιστή και η άλλη μισή σκαμμένη στον βράχο. Από εκεί αγωγοί, μέσω της υπόγειας τάφρου μετέφεραν το νερό μέσα από τη σήραγγα προς τη δεξαμενή που βρισκόταν κοντά στην πόλη
H δυσκολία της διάνοιξης της σήραγγας είχε σχέση με τον ακριβή προσδιορισμό των δύο άκρων της ώστε να έχουν την απαραίτητη υψομετρική διαφορά για την κλίση του αγωγού που θα μετέφερε το νερό. Παράλληλα η απόλυτη ευθυγράμμιση των δύο τμημάτων της σήραγγας, του νότιου και του βόρειου, που διάνοιγαν ταυτόχρονα τα συνεργεία κατασκευής, μας κάνουν να δεχθούμε ότι πρέπει να χρησιμοποιήθηκε κάποιο γεωμετρικό όργανο πιθανόν το νήμα της στάθμης, με το οποίο υπολογιζόταν καθ' όλη τη διάρκεια των εργασιών η τήρηση της μελέτης κατασκευής της σήραγγας. Τελικώς, το έργο ολοκληρώθηκε σε διάστημα περίπου δέκα χρόνων (530-520 πχ) και μετέφερε στην πόλη το νερό από απόσταση περίπου 2,500 μέτρων. Το έργο, πρωτοποριακό για την εποχή και μοναδικό για αιώνες, αν λάβει κανείς υπόψη τις τεχνικές γνώσεις της εποχής λειτούργησε μέχρι τον 5ο αιώνα μ.Χ και μετά εγκαταλείφθηκε, πιθανόν λόγω κακής συντήρησης. Πάντως η αρχαία πηγή εξακολουθεί και σήμερα να παρέχει στην πόλη του Πυθαγορείου διακόσια πενήντα κυβικά μέτρα νερό το εικοσιτετράωρο.
Πηγή: Εκδ. ΔΟΜΗ, ΙΣΤΟΡΙΑ ΤΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ, τ. 2 σελ. 409
