Όπως ξέρουμε, ο Κωνσταντίνος ΣΤ' δεν αγαπούσε καθόλου τη γυναίκα του, παρόλο που του είχε χαρίσει δύο κόρες, την Ευφροσύνη και την Ειρήνη. Είχε ερωμένες. Μετά την επιστροφή της Ειρήνης στο παλάτι δεν άργησε να ερωτευτεί μια από τις δεσποινίδες των τιμών της βασιλομήτορος. Ονομαζόταν Θεοδότη και ήταν γόνος μιας από τις μεγάλες οικογένειες της πρωτεύουσας και συγγενής με μερικούς από τους διασημότερους άνδρες της ορθόδοξης παράταξης, τον ηγούμενο του Σακκουδίου Πλάτωνα και τον ανιψιό του Θεόδωρο. Η Ειρήνη ενθάρρυνε το πάθος του γιου της για την ακόλουθό της και τον έπεισε να απαρνηθεί τη σύζυγό του για να παντρευτεί τη νέα. Ήξερε πολύ καλά το σκάνδαλο που θα προκαλούσε η ενέργεια του ηγεμόνα και τις επιπτώσεις του στα σχέδιά της. Ο Κωνσταντίνος ΣΤ' άκουσε πρόθυμα τις συμβουλές της. Τότε εξυφάνθηκε στο παλάτι, για να απαλλαγεί από τη Μαρία, μια περίεργη ίντριγκα, στην οποία θα επανέλθω αργότερα, γιατί είναι εντελώς χαρακτηριστική για τα βυζαντινά ήθη της εποχής. Το γεγονός είναι ότι τελικά, παρά την αντίσταση του πατριάρχη, ο αυτοκράτορας έκλεισε τη γυναίκα του στο μοναστήρι και τον Σεπτέμβριο του 795 παντρεύτηκε τη Θεοδότη.
Οι προβλέψεις της Ειρήνης δεν άργησαν να επαληθευθούν. Σε ολόκληρο το χριστιανικό Βυζάντιο και ακόμη και στις πιο μακρινές επαρχίες, η παράνομη ένωση προκάλεσε τη γενική κατακραυγή. Η παράταξη των πιστών, φοβερά σκανδαλισμένη, μαινόταν κατά του αυτοκράτορα. οι μοναχοί, ρίχνοντας λάδι στη φωτιά, εξαπέλυαν μύδρους κατά του δίγαμου κοι έκλυτου αυτοκράτορα και οργίζονταν για την αδυναμία του πατριάρχη Ταρασίου που, πάντοτε «πολιτικός» ανεχόταν παρόμοια αίσχη. Η Ειρήνη ενθάρρυνε και υποστήριζε παρασκηνιακά την εξέγερσή τους, «γιατί, όπως λέει ένας χρονογράφος της εποχής, αντιστέκονταν στο γιο της και τον ατίμαζαν». Πρέπει να ανατρέξει κανείς στους εκκλησιαστικούς συγγραφείς για να καταλάβει σε ποιο παροξυσμό οργής έφθασε ο ευσεβής θυμός των πιστών κατά του ανυπάκουου και ανήθικου υιού, κατά του έκλυτου διεφθαρμένου ηγεμόνα. «Αλίμονο στην πόλη που ο βασιλιάς της είναι παιδί», έλεγε ο Θεόδωρος Στουδίτης, επαναλαμβάνοντας τα λόγια του Εκκλησιαστή. Ο Κωνσταντίνος ΣΤ', πιο ήρεμος, προσπαθούσε να γαληνέψει αυτή τη φοβερή θύελλα. Επειδή η κύρια εστία της αντίστασης ήταν η μονή του Σακκουδίου στη Βιθυνία, μεταφέρθηκε με πρόσχημα μια θερινή διαμονή, στη λουτρόπολη της Προύσας. Από εκεί, εκμεταλλευόμενος τη γειτνίαση μαζί τους, έκανε ευγενικές διαπραγματεύσεις με τους μοναχούς της φημισμένης μονής. Με την ελπίδα να τους εξευμενίσει, έφθασε στο σημείο να τους επισκεφτεί αυτοπροσώπως. Οι προσπάθειές του δεν είχαν κανένα αποτέλεσμα. «Ακόμη κι αν χρειαστεί να χύσουμε το αίμα μας», δήλωνε ο Θεόδωρος Στουδίτης, «θα το χύσουμε με χαρά».
Μπροστά σ' αυτή την αδιαλλαξία, o αυτοκράτορας έκανε το λάθος να χάσει την υπομονή του: αποφάσισε να αντιδράσει με τη βία. Διατάχθηκαν συλλήψεις. Ορισμένοι μοναχοί τιμωρήθηκαν με ραβδισμό, φυλακίστηκαν ή εξορίστηκαν. Η υπόλοιπη κοινότητα σκορπίστηκε. Αυτά τα μέτρα, όμως, είχαν σαν μοναδικό αποτέλεσμα να περιπλέξουν την κατάσταση. Παντού οι μοναχοί εξαπέλυαν μύδρους κατά του τυράννου, κατά του «νέου Ηρώδη», και ακόμη και μέσα στο ανάκτορό του, ο ηγούμενος Πλάτων τον πρόσβαλλε καταπρόσωπο. O Κωνσταντίνος ΣΤ' συνήλθε. Αρκέστηκε να απαντήσει ψύχραιμα στις προσβολές του ηγούμενου: «Δεν θέλω να δημιουργήσω μάρτυρες», και τον άφησε να λέει. Δυστυχώς για κείνον, είχε ήδη κάνει πολλά. Η κοινή γνώμη είχε εξεγερθεί κατά του νεαρού ηγεμόνα. Η Ειρήνη εκμεταλλεύτηκε την κατάσταση.
Στο διάστημα της διαμονής της αυλής στην Προύσα, η βασιλομήτωρ κινήθηκε πολύ επιτήδεια. Εξάλλου, οι συνθήκες ήταν πολύ ευνοϊκές γι' αυτήν. Η νεαρή βασίλισσα Θεοδότη είχε αναγκαστεί να γυρίσει στην πρωτεύουσα για να γεννήσει. Και o Κωνσταντίνος ΣΤ', πολύ ερωτευμένος με τη γυναίκα του, υπέμενε με δυσκολία την απουσία του. Όταν τον Οκτώβριο του 796 πληροφορήθηκε ότι είχε αποκτήσει γιο, βιάστηκε να φύγει για την Κωνσταντινούπολη. Έτσι άφηνε το πεδίο ελεύθερο στις δολοπλοκίες της Ειρήνης. Με τα δώρα της, τις υποσχέσεις της, την προσωπική γοητεία της, η Ειρήνη κατάφερε πολύ γρήγορα να κερδίσει την υποστήριξη των ανώτερων αξιωματικών της φρουράς. Τους έπεισε να δεχθούν ένα πραξικόπημα που θα την έκανε μόνη αυτοκράτειρα και οι συνωμότες, που καθοδηγούνταν, όπως πάντα από τον Σταυράκιο, συμφώνησαν να περιμένουν την ευνοϊκή στιγμή. Υπήρχε ωστόσο ένα μελανό σημείο, από το οποίο θα μπορούσαν να χαθούν τα πάντα. Αρκούσε κάποια λαμπρή στρατιωτική επιτυχία για να ξαναδώσει στον Κωνσταντίνο ΣΤ' το κλονισμένο γόητρό του. Και ακριβώςτον Μάρτιο του 797 ο βασιλεύς είχε μόλις ξεκινήσει μια εκστρατεία κατά των Αράβων. Οι φίλοι της μητέρας του δεν δίστασαν καθόλου να προκαλέσουν την αποτυχία της εκστρατείας με ένα ψέμα που έμοιαζε πολύ με προδοσία. Ο αυτοκράτορας αναγκάστηκε να γυρίσει στην Κωνσταντινούπολη χωρίς να συναντηθεί με τον εχθρό και χωρίς να έχει κάνει τίποτα.
Η αποφασιστική κρίση πλησίαζε. Στις 17 Ιουλίου 797 , o Κωνσταντίνος ΣΤ' επέστρεφε από τον Ιππόδρομο στο ανάκτορο του Αγίου Μάμαντος Οι προδότες που τον περιστοίχιζαν έκριναν κατάλληλη την ευκαιρία και επιχείρησαν να τον συλλάβουν. Όμως o ηγεμόνας τους ξέφυγε και ορμώντας σ' ένα πλοίο πέρασε βιαστικά στην ασιατική ακτή, στηριζόμενος στην πίστη των στρατευμάτων που κατείχαν το ανατολικό θέμα. Ήδη η Ειρήνη, που μόλις μαθεύτηκε η είδηση της απόπειρας είχε καταλάβει το Μεγάλο Παλάτι, είχε αρχίσει να χάνει την ψυχραιμία της. Βλέποντας τους φίλους της να διστάζουν και το λαό να είναι ευνοϊκός προς τον Κωνσταντίνο, σκεφτόταν να ταπεινωθεί και να στείλει στο γιο της επισκόπους για να ζητήσουν χάρη, όταν το πάθος της για την υπέρτατη εξουσία της ενέπνευσε την ιδέα να παίξει ένα τελευταίο χαρτί. Πολλοί άνθρωποι του αυτοκρατορικού περιβάλλοντος είχαν συνεργαστεί μαζί της.Τους απείλησε να τους καταγγείλει στον βασιλέα και να του δώσει τα σημειώματα που αποδείκνυαν την προδοσία τους. Τρομαγμένοι από τις δηλώσεις της και μη βλέποντας άλλο τρόπο για αποφύγουν ένα βέβαιο χαμό, οι συνωμότες, ξαναβρίσκοντας το θάρρος τους άρπαξαν τον άτυχο ηγεμόνα τους. Τον οδήγησαν στην Κωνσταντινούπολη, τον έκλεισαν στο Ιερό Παλάτι, στο δωμάτιο της Πορφύρας όπου είχε γεννηθεί και εκεί, με διαταγή της μητέρας του, ο δήμιος ήρθε να του βγάλει τα μάτια. Όμως δεν πέθανε, Περιορισμένος σε μια πολυτελή κατοικία, κατάφερε τελικά να του επιστρέψουν τη σύζυγό του Θεοδότη, που τον είχε υποστηρίξει θαρραλέα στην υπέρτατη κρίση. Απέκτησε μάλιστα κι ένα δεύτερο γιο από αυτήν και πέρασε τα τελευταία χρόνια της ζωής του μέσα σ' ένα ήρεμο σκοτάδι. Αλλά από εκείνη τη στιγμή, η ζωή του ως αυτοκράτορα είχε τελειώσει.
Σχεδόν κανείς δεν έκλαψε για την τύχη του δύστυχου ηγεμόνα. οι πιστοί, με τον στενόμυαλο φανατισμό τους, είδαν στην ατίμωσή του τη νόμιμη και θεία τιμωρία για τη μοιχεία του, τη δίκαιη τιμωρία για τους διωγμούς που είχε διατάξει κατά των μοναχών, και τέλος ένα αξιομνημόνευτο παράδειγμα, το οποίο, όπως λέει ο Θεόδωρος Στουδίτης, «και οι αυτοκράτορες θα μάθουν να μην παραβιάζουν τους νόμους του θεού και να μην εξαπολύουν ασεβείς διώξεις». Για μια ακόμη φορά, οι ευσεβείς ψυχές χαιρέτισαν με θαυμασμό ευγνωμοσύνη τη λυτρωτική πράξη της χριστιανικότατης βασίλισσας Ειρήνης. Μόνο ο χρονογράφος Θεοφάνης, παρά την αφοσίωσή του στην ηγεμονίδα, δείχνει να ένιωσε αόριστα τη φρίκη της πράξης της «Ο ήλιος, γράφει, σκοτείνιασε επί δεκαεπτά ημέρες και δεν εξέπεμπε τις ακτίνες του, σε σημείο που τα πλοία έχαναν το δρόμο τους στη θάλασσα. Και όλοι έλεγαν πως o ήλιος αρνιόταν το φως του εξαιτίας της τύφλωσης του αυτοκράτορα. κι έτσι ανέβηκε στο θρόνο η Ειρήνη, μητέρα του αυτοκράτορα».
Η Ειρήνη είχε πραγματοποιήσει το όνειρό της. Βασίλευε. Φαίνεται τότε ότι μέθυσε από την τύχη και την παντοδυναμία της. Τόλμησε κάτι ασυνήθιστο, που δεν είχε ξανασυμβεί ούτε ξανασυνέβη ποτέ στο Βυζάντιο: εκείνη, μία γυναίκα, πήρε τον τίτλο του αυτοκράτορα. Στην αρχή των Νεαρών που δημοσίευσε, έδωσε υπερήφανα στον εαυτό της τον τίτλο: «Ειρήνη, μέγας βασιλεύς και αυτοκράτωρ των Ρωμαίων». Στα νομίσματα που έκοψε, στα φιλντισένια δίπτυχα που σώζουν την εικόνα της εμφανίστηκε με όλο τον πολυτελή διάκοσμο της ηγεμονίας. Έτσι και πιο μεγαλοπρεπής ακόμη θέλησε να φανεί στο λαό της. Τη Δευτέρα του Πάσχα του 790 γύρισε από την Εκκλησία των Αγίων Αποστόλων στο παλάτι σε επίσημη πομπή, ανεβασμένη σ' ένα χρυσό άρμα που έσερναν τέσσερα άσπρα άλογα που τα κρατούσαν τέσσερις ανώτεροι αξιωματούχοι ντυμένη με το πολυτελές ένδυμα των βασιλέων, αστράφτοντας από χρυσάφι και πορφύρα, ακολουθώντας τη συνήθεια των ρωμαίων υπάτων, έριχνε με τις χούφτες χρήματα στο συγκεντρωμένο πλήθος. Ήταν σαν μια αποθέωση της φιλόδοξης ηγεμονίδας και το απόγειο του μεγαλείου της.
Ταυτόχρονα, πάντα επιτήδεια, φρόντιζε για τη δημοτικότητά της και σταθεροποιούσε την εξουσία της. Οι κουνιάδοι της, οι Καίσαρες, των οποίων η φιλοδοξία επιζούσε από όλες τις ατιμώσεις, είχαν αρχίσει και πάλι να κινούνται. Κατέστειλε σκληρά τις απόπειρές τους και τους έστειλε σε μακρινή εξορία στην Αθήνα. Αντίθετα, έδειχνε μεγάλη φροντίδα για τους φίλους της τους μοναχούς. Έβαζε να τους χτίζουν καινούργια μοναστήρια, προικοδοτούσε γενναιόδωρα τα αποκατεστημένα μοναστήρια. Χάρη στη δηλωμένη εύνοιά της, τα μεγάλα μοναστικά ιδρύματα του Σακκουδίου στη Βιθυνία και του Στουδίου στην πρωτεύουσα γνώρισαν πρωτοφανή ευημερία. Τέλος, για να πάρει το λαό με το μέρος της, έπαιρνε μια ολόκληρη σειρά από φιλελεύθερα μέτρα: παραχωρούσε μεγάλες φορολογικές απαλλαγές, τροποποιούσε το σύστημα διαχείρισης των οικονομικών, μείωνε τους δασμούς σε ξηρά και θάλασσα και τους φόρους που χτυπούσαν τα είδη κατανάλωσης και τη βιομηχανία, βοηθούσε τους φτωχούς με τα φιλανθρωπικά ιδρύματά της και η Κωνσταντινούπολη, γοητευμένη, επευφημούσε την ευεργέτισσά της.
Ωστόσο, γύρω από τη γερασμένη ηγεμονίδα, υπόκωφες δολοπλοκίες εξυφαίνονταν στην αυλή: οι ευνοούμενοι της Ειρήνης διεκδικούσαν τη διαδοχή της. Πράγματι, σε περίπτωση θανάτου o θρόνος ήταν κενός: από τον πρώτο γάμο του Κωνσταντίνου ΣΤ' είχαν γεννηθεί μόνο δύο κόρες. Όσο για τα παιδιά από το δεύτερο γάμο του, ο μεγαλύτερος γιος, o Λέων, είχε πεθάνει σε ηλικία μόλις μερικών μηνών. Ο άλλος, που είχε έρθει στον κόσμο μετά την πτώση του πατέρα του, θεωρούνταν νόθος, που προερχόταν από μία παράνομη ένωση και δεν είχε κανένα δικαίωμα στην αυτοκρατορία. Οι δύο ευνούχοι που κυβερνούσαν τη μοναρχία, ο Σταυράκιος και ο Αέτιος, ονειρεύονταν επίσης να κατακτήσουν την εξουσία για τους οικείους τους και προωθούσαν τους συγγενείς τους στα διάφορα αξιώματα. Κατά τ' άλλα η συνεχής επιδείνωση της υγείας της Ειρήνης τους επέτρεπε να τρέφουν ελπίδες. Ωστόσο, φυλάγοντας ζηλόφθονα ώς το τέλος την υπέρτατη εξουσία της, φοβερά καχύποπτη με οποιονδήποτε που έμοιαζε να απειλεί το στέμμα της, η γηραιά βασίλισσα υπερασπιζόταν με πείσμα τον θρόνο που είχε κατακτήσει με το έγκλημά της.
Επί περισσότερο από ένα χρόνο υπήρχε στο Ιερό Παλάτι μια σειρά από ατελείωτες καταγγελίες, βίαιες σκηνές, ξαφνικές δυσμένειες και απροσδόκητες ανακτήσεις εύνοιας. Ο Αέτιος κατήγγελλε τις φιλοδοξίες και τις συνωμοσίες του Σταυρακίου, ο Σταυράκιος υπέθαλπε εξεγέρσεις για να καταστρέψει τον Αέτιο κι ανάμεσα στους δύο η Ειρήνη, ταλαντευόμενη, ανήσυχη, εκνευρισμένη, οργιζόταν και συγχωρούσε διαδοχικά. Και υπάρχει κάτι το πραγματικά τραγικό σ' αυτή την πάλη ανάμεσα στη γηραιά εξαντλημένη αυτοκράτειρα, που γαντζωνόταν απεγνωσμένα στην εξουσία και τον παντοδύναμο πρωθυπουργό, άρρωστο επίσης, που έφτυνε αίμα και επέμενε, ακόμη και μέσα στα χέρια των γιατρών και την παραμονή του θανάτου του, να συνωμοτεί και να ελπίζει να ανέβει στο θρόνο παρά πάσα ελπίδα. Πέθανε πρώτος, γύρω στα μέσα του 800. Ενώ η βυζαντινή αυλή αναλωνόταν σε στείρες διαμάχες, την ίδια εκείνη στιγμή, στον Άγιο Πέτρο της Ρώμης, o Καρλομάγνος παλινόρθωνε τη Δυτική Αυτοκρατορία.
Λένε ότι ένα μεγαλεπήβολο σχέδιο κυοφορήθηκε στο μυαλό του γερμανού Καίσαρα και της γηραιάς ηγεμονίδας του Βυζαντίου, το σχέδιο ενός γάμου που θα ένωνε τις δύο μοναρχίες τους κάτω από ένα κοινό σκήπτρο και θα αποκαθιστούσε, πιο ένδοξη και πιο ολοκληρωμένη ακόμη και από την εποχή του Αυγούστου, του Κωνσταντίνου ή του Ιουστινιανού, την αρχαία ενότητα του orbis romanus. Το γεγονός αυτό δεν φαίνεται καθόλου πιθανό. Πάντως άρχισαν διαπραγματεύσεις για την εξεύρεση ενός modus vivendi μεταξύ των δύο Κρατών. Φράγκοι πρεσβευτές βρίσκονταν στην Κωνσταντινούπολη όταν ξέσπασε η τελευταία καταστροφή κατά την οποία υπέκυψε η Ειρήνη.
Όσο έπεφτε η γηραιά αυτοκράτειρα, τόσο οι δολοπλοκίες γύρω της γίνονταν πιο φλογερές και πιο τολμηρές. Ο Αέτιος, παντοδύναμος τώρα μετά το θάνατο του αντιζήλου του, προωθούσε ανοιχτά τον αδελφό του και προσπαθούσε να του εξασφαλίσει την υποστήριξη του στρατού. Οι άλλοι μεγάλοι άρχοντες εξεγείρονταν ενάντια στην αναιδή φιλοδοξία του ευνοούμενου και ένας από τους υπουργούς ο γενικός λογοθέτης Νικηφόρος, εκμεταλλεύτηκε τη γενική δυσαρέσκεια για να συνωμοτήσει με τη σειρά του εναντίον της βασίλισσας. Τέλος, η εικονοκλαστική παράταξη έπαιρνε αθόρυβα την εκδίκησή της. Την 3 1η Οκτωβρίου 802, ξέσπασε η επανάσταση. «O θεός, λέει o ευσεβής χρονογράφος Θεοφάνης, την επέτρεψε μέσα στην ασύλληπτη σοφία του για να τιμωρήσει τα σφάλματα της ανθρωπότητας».
Η Ειρήνη παραθέριζε στο ανάκτορο του Ελευθερίου, την κατοικία που προτιμούσε. Οι συνωμότες μεταξύ των οποίων συγκαταλέγονταν πρώην φίλοι του Αέτιου δυσαρεστημένοι από τον ευνοούμενο, πρώην οικείοι του Κωνσταντίνου ΣΤ', πολλοί εικονοκλάστες αξιωματικοί που ζητούσαν εκδίκηση, ανώτεροι αξιωματούχοι, και τέλος αυλικοί και ακόμη και συγγενείς της αυτοκράτειρας, που τους είχε γεμίσει δώρα, επωφελήθηκαν από την απουσία της. Στις δέκα η ώρα το βράδυ παρουσιάστηκαν στις πύλες του Ιερού Παλατιού, δείχνοντας στους φρουρούς της Χάλκης υποτιθέμενες διαταγές της βασίλισσας, με τις οποίες πρόσταζε να ανακηρύξουν χωρίς καθυστέρηση τον Νικηφόρο αυτοκράτορα για να βοηθήσει στην αντιμετώπιση των δολοπλοκιών του Αέτιου στρατιώτες πείστηκαν και παρέδωσαν το παλάτι.
Σε κάθε βυζαντινή επανάσταση αυτό ήταν το βασικό σημείο που έπρεπε να εξασφαλιστεί πριν απ' όλα ένα είδος εγγύησης και συμβόλου της επιτυχίας. Πράγματι, πριν ξημερώσει, σ' ολόκληρη την πόλη αγγελιοφόροι είχαν ανακοινώσει την ανάρρηση του Νικηφόρου και την επιτυχία του πραξικοπήματος, χωρίς κανείς να επιχειρήσει να προβάλει αντίσταση. Ταυτόχρονα η Ειρήνη, που είχε συλληφθεί αιφνιδιαστικά στο Ελευθέριον, είχε οδηγηθεί με ισχυρή φρουρά πίσω στην Κωνσταντινούπολη και είχε κλειστεί στο Ιερό Παλάτι. Και ήδη το πρωί της επομένης, στην Αγία Σοφία, ο πατριάρχης Ταράσιος, έχοντας λησμονήσει, όπως φαίνεται, την ευεργέτισσά του, έστεφε βιαστικά τον νέο βασιλέα. Ωστόσο τίποτα δεν είχε τελειώσει. Η Ειρήνη ήταν δημοφιλής. Μόλις συνήλθε από το αρχικό ξάφνιασμα το πλήθος άρχισε να δείχνει ανοιχτά την εχθρότητά του στους συνωμότες. Έβριζαν τον νέο κύριο, έβριζαν τον πατριάρχη και πολλοί άνθρωποι, υπενθυμίζοντας τις διαβεβαιώσεις πίστης που είχαν δώσει οι συνωμότες στην ηγεμονίδα τους, τους κατηγορούσαν έντονα για την αχαριστία τους. Και το πλήθος, μη μπορώντας να πιστέψει τα γεγονότα που μόλις είχαν συντελεστεί, αναρωτιόταν μήπως είχε πέσει θύμα κάποιου εφιάλτη. Επικρατούσε γενική στεναχώρια και απελπισία. Και ο φρικτός καιρός, ένα κρύο και ομιχλιασμένο φθινοπωρινό πρωινό, έκανε ακόμη πιο τραγική την αυγή της νέας βασιλείας
Μια πραγματικά ενεργητική γυναίκα θα είχε εκμεταλλευτεί ίσως τις περιστάσεις: η Ειρήνη δεν το έκανε. Ανάμεσα στα δύο αισθήματα, τη φιλοδοξία και την ευλάβεια, που δίχαζαν την ψυχή της και είχαν καθοδηγήσει τη ζωή της, αυτή τη φορά επικράτησε η ευλάβεια. Όχι ότι η πτώση είχε μειώσει το θάρρος της. Δεν έδειξε καμία αδυναμία. Αλλά μπροστά στο τετελεσμένο γεγονός «σαν φρόνιμη γυναίκα που αγαπά το θεό», κατά τα λεγόμενα ενός συγχρόνου της, υποχώρησε αδιαμαρτύρητα. Όταν, την επόμενη της στέψης του, o Νικηφόρος ήρθε να την επισκεφθεί, με τα μάτια του γεμάτα ψεύτικα δάκρυα και με την προσποιητή ταπεινότητα που τον χαρακτήριζε, δείχνοντας τα μαύρα παπούτσια που είχε κρατήσει αντί να φορέσει τα πορφυρά πέδιλα, ισχυρίστηκε ότι τον είχαν εξαναγκάσει να κάνει ό,τι έκανε και σχεδόν ζήτησε συγνώμη που ήταν αυτοκράτορας, η Ειρήνη, με απόλυτα χριστιανική παραίτηση, ταπεινώθηκε μπροστά στο νέο βασιλέα ως εκλεκτό του θεού, ευλογώντας τα μυστηριώδη σχέδια της θείας Πρόνοιας και αποδίδοντας την πτώση της στις αμαρτίες της. Από το στόμα της δεν βγήκε ούτε κατηγόρια ούτε παράπονο. Όταν της το ζήτησε o Νικηφόρος, παρέδωσε τους θησαυρούς της, εκφράζοντας μόνο την επιθυμία να της αφήσουν την επικαρπία του ανακτόρου του Ελευθερίου.
O σφετεριστής υποσχέθηκε ό,τι ήθελε εκείνη: τη διαβεβαίωσε ότι όσο ζούσε θα τη μεταχειρίζονταν "όπως αρμόζει σε μια βασίλισσα». Αλλά δεν άργησε να ξεχάσει τις υποσχέσεις του. Η γηραιά ηγεμονίδα απομακρύνθηκε από την Κωνσταντινούπολη και εξορίστηκε αρχικά στο μοναστήρι που είχε Ιδρύσει στη νήσο Πρίγκηπο. Αλλά και εκεί έμοιαζε να βρίσκεται πολύ κοντά. Τον Νοέμβριο του 802. παρά το φοβερό κρύο ενός πρώιμου χειμώνα, την έστειλαν στη Λέσβο. Έμεινε εκεί φρουρούμενη στενά και απαγορεύθηκε σε οποιονδήποτε να την πλησιάσει: τόσο φοβούνταν ακόμη τις δολοπλοκίες της και την επίμονη φιλοδοξία της. Πέθανε θλιβερά σ' αυτή την αιχμαλωσία τον Αύγουστο του 803, εγκαταλειμμένη από όλους. Το σώμα της μεταφέρθηκε στο μοναστήρι της Πριγκήπου και αργότερα στην Κωνσταντινούπολη, όπου το ενταφίασαν στην εκκλησία των Αγίων Αποστόλων στο ταφικό παρεκκλήσιο όπου κοιμούνταν τόσοι αυτοκράτορες
Η Εκκλησία συγχώρησε τα πάντα στην ευσεβή και ορθόδοξη αυτοκράτειρα Ειρήνη, ακόμη και τα εγκλήματά της. Οι βυζαντινοί χρονογράφοι της εποχής της την ονομάζουν μακαριοτάτη Ειρήνη, νέα Ελένη, «εκείνη που αγωνίστηκε σαν μάρτυρας για την αληθινή πίστη». Ο Θεοφάνης θρηνεί την πτώση της σαν καταστροφή αναπολεί τα χρόνια της βασιλείας της σαν μια περίοδο σπάνιας ευημερίας O Θεόδωρος Στουδίτης, ένας άγιος της απηύθυνε τις πιο ταπεινές κολακείες και δεν έβρισκε αρκετά ενθουσιώδη λόγια για να επαινέσει την «πολύ καλή ηγεμονίδα», «με το τόσο αγνό πνεύμα και την πραγματικά άγια ψυχή», που, με την ευλάβειά της και την επιθυμία της να φανεί αρεστή στον θεό, ελευθέρωσε τον λαό της από τη δουλεία και που οι πράξεις της «λάμπουν σαν άστρα». Η ιστορία οφείλει στην Ειρήνη λιγότερη επιείκεια και περισσότερη δικαιοσύνη. Μπορούμε να καταλάβουμε και, αν θέλουμε, να συγχωρήσουμε, το λάθος των έντιμων ανθρώπων, που το πνεύμα της παράταξης τύφλωσε σχετικά με το άτομό της. Δεν έχουμε όμως δικαίωμα να το συμμεριστούμε. Είναι αλήθεια ότι αυτή η διάσημη ηγεμονίδα ήταν βασικά πολιτικός, φιλόδοξη και αφοσιωμένη, που το πάθος του θρόνου την παρέσυρε ώς το έγκλημα και στην οποία το μέγεθος των αποτελεσμάτων που πέτυχε δεν αντιστάθμισε τη φρίκη των πράξεών της Με τις δολοπλοκίες της ξανάνοιξε επί ογδόντα χρόνια στο Βυζάντιο, προς μεγάλη ζημία της μοναρχίας, την εποχή των ανακτορικών επαναστάσεων που οι ένδοξοι προκάτοχοί της, οι εικονοκλάστες αυτοκράτορες είχαν κλείσει εδώ και περισσότερο από έναν αιώνα.
