Από το 1870, όταν δημιουργήθηκε η Βουλγαρική Εξαρχία, ολόκληρη η δραστηριότητα της βουλγαρικής προπαγάνδας στη Μακεδονία, επικεντρωνόταν στα σλαβόφωνα διαμερίσματα. Είχε σκοπό την απόσχιση των διαμερισμάτων αυτών από το Πατριαρχείο και την ενίσχυση της Εξαρχίας με τη δημιουργία νέων σχισματικών εξαρχικών μητροπόλεων.
Όλη η προσπάθεια των Βουλγάρων απέβλεπε στην απόκτηση των δύο τρίτων του πληθυσμού των χωριών, όπως όριζε ο νόμος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας για τις εξαρχίες, ώστε να επιτευχθεί η απομάκρυνσή τους από το Πατριαρχείο, ο διορισμός σχισματικών ιερέων και δασκάλων, και με τον τρόπο αυτό ο εκβουλγαρισμός των πληθυσμών. Όποιος δήλωνε σχισματικός τον θεωρούσαν Βούλγαρο. Η βουλγαρική δραστηριότητα άρχισε ως εκκλησιαστική κίνηση, με την πάροδο του χρόνου όμως, χρησιμοποιήθηκε από τη βουλγαρική πολιτική, η οποία απέβλεπε στην προπαρασκευή των συνθηκών για τη δημιουργία ισχυρού βουλγαρικού κράτους. Στη συνέχεια φάνηκε, ότι η πραγματοποίηση του σκοπού αυτού θα επιδιωκόταν με τη Μεγάλη Βουλγαρία του Αγίου Στεφάνου, σύμφωνα με τις αρχές του ρωσικού πανσλαβισμού.
Οι επιτυχίες της σχισματικής κίνησης, μέχρι το 1894, ήταν αξιόλογες όχι όμως και αποφασιστικές. Την ίδια χρονιά, την Κυβέρνηση Σταμπούλοφ διαδέχτηκε η Κυβέρνηση Στούλοφ. Εγκαινίασε την πολιτική άμεσης επέμβασης στη Μακεδονία και δεν αρκέστηκε όπως η προκάτοχός της στην πολιτική της απαίτησης από την Τουρκική Κυβέρνηση ευνοϊκών βερατίων για την Εξαρχία. Την εφαρμογή της πολιτικής αυτής επέβαλλε το γεγονός ότι τα αποτελέσματα της εκκλησιαστικής κίνησης, αν και σημαντικά ούτε άμεσες επιπτώσεις παρουσίαζαν ούτε αλλοίωναν την ελληνική όψη της Μακεδονίας στο σημείο που επιθυμούσαν οι Βούλγαροι. Παρά τις πιέσεις, τις οικονομικές παροχές και τη χρησιμοποίηση μιας συγγενικής γλώσσας στις εκκλησίες και τα σχολεία, οι σλαβόφωνοι χωρικοί της Μακεδονίας δεν έδειχναν μεγάλη προθυμία να απαρνηθούν το Πατριαρχείο καθώς οι περισσότεροι είχαν βαθιά ελληνική συνείδηση και εξακολουθούσε να τους επηρεάζει η αίγλη του ελληνισμού. Σε κανένα χωριό της σλαβόφωνης ζώνης δεν πέτυχε να επικρατήσει ολοκληρωτικά το σχίσμα. Όπου είχαν διοριστεί σχισματικοί ιερείς και δάσκαλοι εξακολουθούσε να υπάρχει παράλληλα και ισχυρή ομάδα χωρικών, πιστών στο Πατριαρχείο. Οι Βούλγαροι τους χαρακτήριζαν "γραικομάνους“ ελληνομανείς, επειδή με ακριβεια και σταθερότητα διατηρούσαν τις ελληνικές παραδόσεις.
Άλλο σοβαρό παράγοντα για την εφαρμογή της άμεσης πολιτικής επέμβασης αποτελούσαν οι σχισματικοί Μακεδόνες που εγκαταστάθηκαν στη Βουλγαρία. Από πολύ νωρίς, ιδιαίτερα όμως με την ίδρυση του βουλγαρικού κράτους αξιοσημείωτος αριθμός σλαβόφωνων σχισματικών από τη Μακεδονία άρχισε να εγκαθίσταται στη Βουλγαρία. Τη μετανάστευση αυτή ευνοούσε η βουλγαρική κυβέρνηση καθώς χορηγούσε συνεχώς υποτροφίες στους μαθητές των βουλγαρικών σχολείων στη Μακεδονία και διευκόλυνε την εγκατάσταση των οικογενειών τους στη Βουλγαρία.
Μέχρι το 1900, οι σλαβόφωνοι Μακεδόνες που εγκαταστάθηκαν στη Βουλγαρία υπολογίζονταν στις 100.000 περίπου. Το σπουδαιότερο όμως ήταν, ότι πολλοί από αυτούς, μορφωμένοι στην πλειοψηφία τους, κατείχαν σημαντικές θέσεις στη διοίκηση, την εκκλησία και το στρατό. Το ένα τρίτο των αξιωματικών του βουλγαρικού στρατού, περίπου 1.500 δημόσιοι υπάλληλοι (σε σύνολο 38.000) και 1.262 ιερείς (σε σύνολο 3.412) ήταν όλοι τους σχισματικοί από τη Μακεδονία. Επίσης, σοβαρός αριθμός δασκάλων προερχόταν από τη Μακεδονία και κάθε χρόνο 300 περίπου σπουδαστές, με υποστήριξη της βουλγαρικής κυβέρνησης, σπούδαζαν εκεί. Όλοι αυτοί, επίμονα πίεζαν για αμεσότερη επέμβαση στη Μακεδονία, με μεγαλύτερο μάλιστα φανατισμό, όπως συνήθως συμβαίνει με τους νεοφώτιστους.
Πολλές οργανώσεις σχηματίστηκαν στη Βουλγαρία με πυρήνες τους φανατικούς αυτούς νεοφώτιστους. Από το 1894, άρχισαν δραστήρια να συγκροτούν συλλαλητήρια, να διενεργούν εράνους, να αγοράζουν όπλα και να εκπαιδεύουν στρατιωτικά αντάρτες στις Λέσχες Σκοποβολής που ίδρυαν μαζικά. Με την πάροδο του χρόνου οι οργανώσεις απέκτησαν μεγάλη δύναμη, πολύ ισχυρά ερείσματα με αντιπροσώπους στο Κοινοβούλιο, τις εφημερίδες, το στρατό και τη διοίκηση, ενώ το Μακεδονικό Ζήτημα βρέθηκε σε πρωτεύουσα θέση στη βουλγαρική πολιτική. Μεγάλο ενδιαφέρον για την προαγωγή της κίνησης έδειχναν η βουλγαρική κυβέρνηση και ο πρίγκηπας Φερδινάνδος. Το 1895, πραγματοποι'ηθηκε Συνέδριο στη Σόφια, όπου συνενώθηκαν όλες οι οργανώσεις υπό την ηγεσία της Ανώτατης Μακεδονικής Επιτροπής. Πρόεδρός της ήταν ο καθηγητής Μιχαηλόφσκι, κύριος όμως μοχλός της κίνησης παρουσιαζόταν ο Στρατηγός Τσόντσεφ. Ιδιαίτερα δραστήριο μέλος ήταν ο Συνταγματάρχης Γιαγκόφ, ο οποίος καταγόταν από τη Βασιλειάδα (Ζαγορίτσανη) της Καστοριάς. Η Οργάνωση είναι γνωστή ως «Κομιτάτο των Βαρχοβιστών» από το όνομα της επιτροπής που τότε ονομαζόταν «Βαρχόβ Κομιτέτ», και οι οπαδοί της «Βαρχοβιστές». Έδρα της οργάνωσης ήταν η Σόφια.
Κύριος σκοπός του κομιτάτου των βαρχοβιστών, το οποίο απροκάλυπτα εμφανιζόταν ως βουλγαρικό, ήταν ο εκβουλγαρισμός του μακεδονικού ελληνισμού και η άμεση ενσωμάτωση της Μακεδονίας στη Βουλγαρία σύμφωνα με τους όρους της συνθήκης του Αγίου Στεφάνου. Τα μέσα που προέβλεψαν για την επίτευξη του σκοπού αυτού, βασίζονταν στη χρησιμοποίηση του βουλγαρικού κρατικού μηχανισμού, των ιδρυμάτων του, και ιδιαίτερα στη βουλγαρική Εξαρχία. Όλα ήταν καλά προσχεδιασμένα για μια αποτελεσματική ένοπλη επίθεση κατά της Μακεδονίας.
Εκτός όμως από το κομιτάτο των βαρχοβιστών, είχε ιδρυθεί με βουλγαρική έμπνευση από το 1893, στα όρια της τουρκοκρατούμενης Μακεδονίας, και μια άλλη Οργάνωση, γνωστή με την ονομασία «Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση-ΕΜΕΟ» ( Ο αρχικός τίτλος της Οργάνωσης ήταν "Βουλγαρομακεδονική-Αδριανουπολιτική Επαναστατική Οργάνωση". Μετά τη διάσκεψη του 1896 μετονομάστηκε σε "Μυστική Επαναστατική Οργάνωση της Μακεδονίας και Αδριανουπόλεως'. Τελικά όμως, επικράτησε o τίτλος "Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση' (ΕΜΕΟ). Οι Βούλγαροι την ονομάζουν "Βάτρισνα Μακεντόνσκα Ρεβολιτσιόζα Οργανιζάτσια" (BMPO). Το 1894, διαμορφώθηκε Κεντρική Επιτροπή και είχε τη διεύθυνση της ΕΜΕΟ, με τίτλο «Σεντράλ Κομιτέτ». Την αποτελούσαν μερικοί δάσκαλοι βουλγαρικών, μορφωμένοι σχισματικοί και κάποιοι πρόκριτοι. Τους οπαδούς της αποκαλούσαν «Σαντραλιστές». Η ΕΜΕΟ είναι γνωστή και ως «Κομιτάτο των Σαντραλιστών». Έδρα της οργάνωσης, όπως και των βαρχοβιστών, ήταν η Σόφια (Η Κεντρική Επιτροπή της ΕΜΕΟ, προσαυξήθηκε από αδελφότητες Βουλγάρων αξιωματικών οι οποίοι την εφοδίαζαν με χρήματα και υλικά από το βουλγαρικό στρατό. Οι Ντέλτσεφ και Πετρόφ πάντα υποστήριζαν ότι η Ανώτατη Επιτροπή έπρεπε να είναι υποτελής στην Κεντρική Επιτροπή της ΕΜΕΟ. (Dakin D., ό.π., σελ 50, σημ. 21).
Η ΕΜΕΟ παρουσιαζόταν ανεξάρτητη από την κίνηση των βαρχοβιστών, με φαινομενικό σκοπό την εξασφάλιση πολιτικής αυτονομίας στη Μακεδονία, μετά από επαναστατική δράση. Απώτερος και τελικός όμως, σκοπός αυτής της κίνησης ήταν, μετά την αυτονόμησή της, η προσάρτησή της στη Βουλγαρία, σύμφωνα με το προηγούμενο της Ανατολικής Ρωμυλίας το 1885 . Έτσι, βαρχοβιστές και σαντραλιστές, κατευθυνόμενοι από τη Σόφια, απέβλεπαν στον ίδιο σκοπό, με διαφορετικές μεθόδους.
Το ιστορικό της ΕΜΕΟ άρχισε το 1893, όταν μετά από οδηγίες της Σόφιας συγκλήθηκε σύσκεψη στη Ρέσνα (σε έδαφος της πρώην Γιουγκοσλαβίας), στην οποία συμμετείχαν οι : Ντάμε Γκρούεφ-διευθυντής βουλγαρικού σχολείου Θεσσαλονίκης, Χρήστος Τατάρτσιεφ-γιατρός, Γκότσι Ντέλτσεφ-δάσκαλος βουλγαρικής, Πέρε Τόσεφ, Γεώργιος Πετρόφ, διευθυντής βουλγαρικού σχολείου Θεσσαλονίκης, Πέτρος Ποπάρσοφ, επιθεωρητής βουλγαρικών σχολείων στα Σκόπια, Ιβάν Χατζηνικόλοφ, Χρήστος Μπογιατζίεφ και Αποστόλ Δημητρόφ. Όλοι αυτοί, αντιπρόσωποι δήθεν των σλαβόφωνων Μακεδόνων που είχαν ενστερνιστεί το παλιό προπαγανδιζόμενο στη Βουλγαρία και Μακεδονία απατηλό σύνθημα "Η Μακεδονία για τους Μακεδόνες" προχώρησαν στη συγκρότηση της ΕΜΕΟ και καθόρισαν τους σκοπούς και τις αρχές της.
Σύμφωνα με το Χρήστο Τατάρτσιεφ, που εξελέγη Πρόεδρος στη σύσκεψη, σκοπός της οργάνωσης ήταν η δημιουργία των προϋποθέσεων για την αυτονόμηση της Μακεδονίας με κυρίαρχο σ' αυτήν το βουλγαρικό στοιχείο. Ο ίδιος ο Τατάρτσιεφ στη σύσκεψη, είπε : «Δεν μπορούμε να υιοθετήσουμε την άποψη για άμεση προσάρτηση της Μακεδονίας στη Βουλγαρία, γιατί διαπιστώνουμε το γεγονός, ότι η προσάρτηση αυτή θα συναντήσει μεγάλα εμπόδια, εξαιτίας της αντιδρασης των Μεγάλων Δυνάμεων και των φιλοδοξιών των μικρών κρατών απέναντι στην Τουρκία. Ούτε και μας περνούσε η ιδέα ότι μια αυτόνομη Μακεδονία θα μπορούσε ευκολότερα να ενωθεί με τη Βουλγαρία...» Επειδή η άμεση προσάρτηση της Μακεδονίας στη Βουλγαρία θεωρούνταν την εποχή εκείνη ανεδαφική, αποφάσισε η επιτροπή να προβάλει ως σκοπό του νεοδημιουργημένου εσωτερικού κομιτάτου την αυτονόμηση της Μακεδονίας και τη δημιουργία της, δήθεν, σε κράτος. Φιλοδοξούσαν, μέλη του κράτους που θα συστήσουν να είναι όλοι οι Μακεδόνες ισότιμα και χωρίς διάκριση θρησκείας ή εθνικότητας. Έτσι, από την ιδρυτική σύσκεψη της Εσωτερικής Οργάνωσης διαπιστώνεται ότι ο σκοπός της για την αυτονομία της Μακεδονίας αποτελούσε καθαρό πολιτικό ελιγμό και προπαγανδιστικό τέχνασμα. Πίστευαν δηλαδή τα ιδρυτικά μέλη της, ότι ευκολότερα θα αναπτυσσόταν η ΕΜΕΟ αν απέκρυπτε τις φιλοβουλγαρικές της θέσεις και απευθυνόταν σε όλους τους Μακεδόνες, είτε ήταν σχισματικοί, είτε προσκολλημένοι στον ελληνισμό και το Πατριαρχείο.
Μετά τη συγκρότηση αυτού του πρώτου διοικητικού πυρήνα της ΕΜΕΟ, δόθηκε η δυνατότητα για γρήγορη επέκταση της οργάνωσης σε ολόκληρη τη σλαβόφωνη ζώνη της Μακεδονίας. Αρχικά, o προσηλυτισμός στράφηκε κυρίως στους διανοούμενους και τους κάπως ισχυρότερους οικονομικά σχισματικούς. Μετά από ένα χρόνο επεκτάθηκε σε όλα σχεδόν τα σλαβόφωνα διαμερίσματα, όπου υπήρχαν σχισματικά βουλγαρικά σχολεία. Η νέα σύσκεψη της οργάνωσης πραγματοποιήθηκε το 1894. Τότε, αποφασίστηκε η δημιουργία ένοπλης επαναστατικής οργάνωσης με την εκμετάλλευση του δογματισμού των χωρικών και την εξεύρεση και διανομή σ' αυτούς όπλων, καθώς και με την εκπαίδευση των κατοίκων των χωριών στην ένοπλη δράση. Ο σκοπός που προπαγάνδιζε η ΕΜΕΟ ήταν η απελευθέρωση της Μακεδονίας από τον τουρκικό ζυγό και η εξασφάλισή της για τους Μακεδόνες, οι οποίοι σύμφωνα με τους προπαγανδιστές της οργάνωσης αποτελούσαν χωριστή εθνότητα. Με τον τρόπο αυτό, απέκρυπταν προσεκτικά τον απώτερο και τελικό σκοπό της ΕΜΕΟ για προσάρτηση της Μακεδονίας στη Βουλγαρία, όπως αυτός διατυπώθηκε από τον Τατάρτσιεφ κοιτά τη σύσκεψη του 1893.
Πολλοί όμως μορφωμένοι σλαβόφωνοι Μακεδόνες, προσέρχονταν στην οργάνωση με την πίστη, ότι αυτή αποτελούσε καθαρά μακεδονική υπόθεση. Μεταξύ τους υπήρχαν και οι εξτρεμιστές σοσιαλιστές Σαντάνσκι και Ποινίτσα, καθώς και πολλοί αναρχικοί και μηδενιστές. Όλοι αυτοί, μορφωμένοι στο σύνολό τους και δραστήριοι οργανωτές, πέτυχαν νοι καταλάβουν ηγετικές θέσεις στη διοίκηση της ΕΜΕΟ και γρήγορα την έφεραν σε μερική αντίθεση με τη Βουλγαρική Εκκλησία και τους πιο επεκτατικούς βουλγαρικούς κύκλους.(O Γιάννε Σαντάνσκι γεννήθηκε στις 18 Μαΐου 1872 στο χωριό Βλάχι του Μελενίκου και σπούδασε στη Βουλγαρία. Αρχικά αναμίχτηκε στη βαρχοβιστική κίνηση και από το 1899 έγινε μέλος της ΕΜΕΟ, στην οποία μάλιστα αναδείχτηκε ηγετικό στέλεχος).
Η Βουλγαρική Κυβέρνηση άρχισε να ανησυχεί, γιατί η πειστικότητα με την οποία διαδίδονταν στους σχισματικούς Μακεδόνες οι Ιδέες της ΕΜΕΟ -κυρίως αυτές για άμεσες επαναστατικές ενέργειες- θα μπορούσαν να αποβούν σε βάρος των εθνικών βουλγαρικών συμφερόντων. Η Βουλγαρική Κυβέρνηση φοβόταν, ότι μια πρόωρη επαναστατική κίνηση της ΕΜΕΟ θα αφύπνιζε τους Έλληνες και τους Σέρβους και θα τους εξανάγκαζε να στείλουν δικούς τους πράκτορες και αντάρτικα σώματα στη Μακεδονία. Μια τέτοια εξέλιξη θα ήταν αρνητική για τη Βουλγαρία καθώς η εξαρχική προπαγάνδα δεν είχε ακόμη προωθηθεί ικανοποιητικά και πολλά από τα χωριά της σλαβόφωνης ζώνης, επέμεναν να πιστεύουν στον ελληνισμό και στο Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης. Επίσης, μια εξέγερση των Βουλγάρων της Μακεδονίας θα προκαλούσε επέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων, πριν εξασφαλιστεί εκεί η βουλγαρική θέση, οπότε οι ξένοι θα επέλυαν το θέμα σύμφωνα με τα δικά τους συμφέροντα, κι όχι βέβαια της Βουλγαρίας. Όλοι αυτοί οι φόβοι αποτέλεσαν ένα νέο παράγοντα εφαρμογής της πολιτικής της άμεσης βουλγαρικής επέμβασης στη Μακεδονία ώστε να μη χαθεί το έδαφος που κέρδισε μέχρι τότε η εκκλησιαστική κίνηση.
Ήδη από το καλοκαίρι του 1895, άρχισαν να εισέρχονται στη Μακεδονία βουλγαρικές συμμορίες με συνολική δύναμη 600 περίπου ανδρών, τις οποίες οργάνωσε και εκπαίδευσε ο Βόρις Σαράφοφ, αξιωματικός του βουλγαρικού στρατού από το Νευροκόπι. Προορισμός των συμμοριών ήταν να δράσουν στην περιοχή Στρώμνιτσας και στην ορεινή περιοχή του Όρβηλου (Πιρίν), αλλά η παραμονή τους στις περιοχές αυτές ήταν σύντομη.
Στις 12 Ιουλίου 1895, ολόκληρη η δύναμη των συμμοριών, υπό τις διαταγές του Σαράφοφ, ενήργησε αιφνιδιαστική επίθεση κατά της μικρής τουρκικής φρουράς του Μελένικου, την εξουδετέρωσε και κατέλαβε την πόλη. Στο Μελένικο, οι βουλγαρικές συμμορίες παρέμειναν λίγες μόνο ώρες. Σκότωσαν επτά Έλληνες, έκαψαν το διοικητήριο, το ταχυδρομείο και μερικά σπίτια Τούρκων κατοίκων και αποχώρησαν. Μετά από λίγες μέρες πέρασαν τα σύνορα και ξαναγύρισαν στη Βουλγαρία.
Η Βουλγαρική Κυβέρνηση προσπάθησε να δώσει εντυπωσιακό χαρακτήρα στη δράση αυτών των συμμοριών. Συνδύασε την κατάληψη του Μελένικου με έντονο δημοσιογραφικό θόρυβο και αποσκοπούσε να πείσει την Ευρωπαϊκή Διπλωματία ότι στη Μακεδονία επικρατούσε ανυπόφορη κατάσταση και ότι το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού της με επικεφαλής το βουλγαρικό στοιχείο, ήταν έτοιμο να εξεγερθεί. Παράλληλα, προχώρησε σε έντονη διπλωματική δραστηριότητα και ζήτησε από τις Μεγάλες Δυνάμεις να εφαρμοστεί το «άρθρο 23» της Συνθήκης του Βερολίνου. Ο Βούλγαρος Έξαρχος ζήτησε από την Τουρκική Κυβέρνηση την έκδοση βερατίων για το διορισμό Βούλγαρων επισκόπων στις επαρχίες Δίβρης, Κιλκίς, Στρώμνιτσας, Μελένικου και Μοναστηρίου.
Τα αποτελέσματα των βουλγαρικών ενεργειών ήταν ευεργετικά για τη Βουλγαρική Κυβέρνηση γιατί πέτυχε να πείσει την Ευρωπαϊκή διπλωματία ότι δεν ήταν δυνατό να λυθεί το Μακεδονικό Ζήτημα χωρίς τη συμμετοχή του βουλγαρικού παράγοντα. Οι ενέργειες αυτές συνέβαλαν επίσης στην αναγνώριση του ηγεμόνα της Βουλγαρίας Φερδινάνδου από τη Ρωσία. Όμως, παρά τις επιτυχίες της αυτές, η Βουλγαρική Κυβέρνηση δεν πέτυχε να διευθετήσει απόλυτα και τις τυπικές αντιθέσεις της με την ΕΜΕΟ.
Οι αντιθέσεις αφορούσαν κυρίως θέματα τακτικής και διεύθυνσης του αγώνα. Βασική τους αιτία ήταν οι προσωπικές αντιζηλίες και φιλοδοξίες που υποκρύπτονταν μεταξύ των ηγετικών στελεχών των δύο Οργανώσεων, Εξωτερικής και Εσωτερικής.
Η ΕΜΕΟ άρχισε να αναπτύσσεται με κέντρο κυρίως τις βόρειες περιοχές της Δυτικής Μακεδονίας. Το καλοκαίρι του 1896, συγκλήθηκε νέα διάσκεψη, στην οποία καθορίστηκαν οι βασικές αρχές για τη συνέχεια της ανάπτυξης και της δράσης της οργάνωσης. Ολόκληρη η Μακεδονία διαχωρίστηκε σε πέντε επαναστατικούς τομείς, της Θεσσαλονίκης, του Μοναστηρίου, των Σκοπίων, της Στρώμνιτσας, των Σερρών και της Θράκης, με επίκεντρο στην τελευταία την περιοχή της Αδριανούπολης. Αργότερα, κάθε τομέας υποδιαιρέθηκε σε υποτομείς και όλοι τους έπαιρναν οδηγίες και κατευθύνσεις από την Κεντρική Επιτροπή στη Σόφια. Στη συνέχεια καθόρισαν τους τρόπους εξεύρεσης χρημάτων και προμήθειας όπλων για τις ανάγκες της οργάνωσης. Τέλος, διατυπώθηκαν τα προπαγανδιστικά σχέδια για την εξάπλωση της οργάνωσης και τη μονοπώληση του απελευθερωτικού αγώνα κατά των Τούρκων στη Μακεδονία.
Το ζήτημα της εξεύρευσης των αναγκαίων χρημάτων του εξοπλισμού της, λύθηκε ευνοϊκά για την οργάνωση. Για τα χρήματα, χρησιμοποιήθηκε κάθε θεμιτό κι αθέμιτο μέσο. Αρχικά, διενεργήθηκαν προαιρετικοι' έρανοι, αργότερα όμως και υποχρεωτικοί, με τη διάθεση ομολογιών (Τις Ομολογίες πουλούσαν με τη βία σε πλούσιους Έλληνες, Εβραίους και άλλους. Εκδόθηκαν το 1897 από την Ανώτατη Επιτροπή στη Σόφια, κι αντιπροσώπευαν δάνειο το οποίο δήθεν θα πληρωνόταν όταν εκπληρώνονταν οι επαναστατικοί σκοποί) . Οι επιφορτισμένοι με τα οικονομικά της ΕΜΕΟ, δεν δίστασαν να εκτελέσουν όσους δυστρόπησαν για την καταβολή των χρηματικών ποσών που τους επιβλήθηκαν. Η απαγωγή αξιόλογων προσώπων και η απελευθέρωσή τους μετά την καταβολή υπέρογκων λύτρων, χρησιμοποιήθηκε ως άλλο μέσο χρηματισμού. Χαρακτηριστική είναι η απαγωγή της Αμερικανίδας Ιεραπόστολου Stone (Στόουν), την οποία απήγαγε στις 21 Αυγούστου 1901 η ομάδα Σαντάνσκι, Τσερνοπέεφ, Ασένοφ και Πετρόφ στην οδό Μπάνσκου-Τζουμαγιάς. Τελικά, απελευθερώθηκε μετά από καταβολή 14.000 χρυσών τουρκικών λιρών. Αλλά η ΕΜΕΟ, ενισχυόταν οικονομικά και από τη Βουλγαρική Κυβέρνηση. Πολλά από τα χρήματα της κυβέρνησης που προοριζονταν δήθεν για τα βουλγαρικά σχολεία στη Μακεδονία, κατέληγαν στα ταμεία της ΕΜΕΟ.
Τον εξοπλισμό της ΕΜΕΟ και την οργάνωση των ένοπλων ομάδων της ανέλαβε ο Γκότσε Ντέλτσεφ (Ο Γκότσε Ντέλτσεφ γεννήθηκε στο Κιλκίς, στις 23 Ιανουαρίου 1872 και σπούδασε στο Βουλγαρικό Γυμνάσιο της Θεσσαλονίκης. Εργάστηκε ως δάσκαλος βουλγαρικών στο Ιστίπ και αποτέλεσε σημαντικό στέλεχος της σχισματικής σχολικής κίνησης. Μυήθηκε στην ΕΜΕΟ από τον Ντάμε Γκρούεφ, όταν συνυπηρετούσαν στο Ιστίπ, και στη συνέχεια εξελίχτηκε σε μια από τις ηγετικές μορφές της. Το Άνω Νευροκόπι ονομάζεται σήμερα Γκότσε Ντέλτσεφ προς τιμήν του.) , o οποίος αρχικά έλαβε από τη Βουλγαρική Κυβέρνηση 4.000 τυφέκια του βουλγαρικού στρατού. Αργότερα όμως, διαπίστωσε στη Σόφια, μετά από σχετικές συζητήσεις με το Βούλγαρο Υπουργό των Στρατιωτικών, ότι η Βουλγαρική Κυβέρνηση θα έλεγχε τη χορήγηση των αντίστοιχων πυρομαχικών, ώστε να ενασκεί απόλυτο έλεγχο στη δράση της ΕΜΕΟ. Έτσι, οι ηγέτες της ΕΜΕΟ, επειδή επιθυμούσαν να διατηρούν κάποια ανεξαρτησία από τη Βουλγαρική Κυβέρνηση και τους βαρχοβιστές, αποφάσισαν να στραφούν και σε άλλες πηγές προσπορισμού όπλων.
Το 1900, η οργάνωση, έστειλε στην Αθήνα και τη Λάρισα το δάσκαλο βουλγαρικών Μανόλ Ραζόφ για να αγοράσει όπλα, χωρίς επιτυχία όμως, γιατί δεν γνώριζε την ελληνική γλώσσα. Στη συνέχεια, επισκέφτηκε την Ελλάδα για τον ίδιο σκοπό ο Τσακαλάροφ (Ο Τσακαλάροφ καταγόταν από την Κρυσταλλοπηγή (Σμαρδέσι) Καστοριάς. Αρχικά παρακολούθησε μαθήματα στο ελληνικό σχολείο της γενέτειράς του, αργότερα όμως η οικογένειά του γράφτηκε στη Βουλγαρική Εξαρχία κι έτσι φοίτησε στο βουλγαρικό σχολείο του Σμαρδεσίου. Μετέβη στη Βουλγαρία όπου εργάστηκε ως επιδιορθωΤής υποδημάτων. Μιλούσε με ευχέρεια ελληνικά, αλβανικά, βουλγάρικα και το σλαβοφανές ιδίωμα. Εξελίχτηκε σε δυναμικό και φανατικό ανθέλληνα βοεβόδα κομιτατζή) , o οποίος παρουσιάστηκε σε διάφορους εμπόρους ως Αλβανός από τα Ιωάννινα, κατόρθωσε να προμηθευτεί όπλα από την Εταιρεία Μαλτσινιώτη και να τα μεταφέρει στα Τρίκαλα. Από εκεί, τα μετέφερε στην Κρυσταλλοπηγή, το Φεβρουάριο του 1902. Με σκοπό να αυξηθεί ο ανεφοδιασμός σε όπλα, ανατέθηκε στους ξυλοκόπους του Τριβούνου (Τύρσια) Φλώρινας, καθώς αυτοί γνώριζαν καλά τους δρόμους προς την Ελλάδα, να διενεργούν λαθρεμπόριο όπλων. Έτσι, είχαν οι ίδιοι οικονομικό όφελος και αυξανόταν το απόθεμα της ΕΜΕΟ σε οπλισμό. Η προμήθεια όπλων όμως από την Ελλάδα σταμάτησε γρήγορα, γιατί η Ελληνική Αστυνομία αύξησε την επαγρύπνησή της και οι Τουρκικές Αρχές στα σύνορα διενεργούσαν λεπτομερή έρευνα στους μεταφορείς που περνούσαν τα σύνορα. Άλλη πηγή όπλων υπήρξε η Αλβανία, όπου τα διάφορα ληστρικά στοιχεία ευχαρίστως πουλούσαν όπλα στην ΕΜΕΟ. Παρ' όλη όμως τη δραστηριότητα που ανέπτυξε η ΕΜΕΟ, πάντα είχε έλλειψη όπλων, καθώς πολλά χάνονταν στις μεταφορές ή βρίσκονταν στις έρευνες των Τουρκικών Αρχών σε διάφορα χωριά. Σοβαρό ατύχημα για την οργάνωση στάθηκαν οι αποκαλύψεις του Ιβάντσε Μπουζόφ, εντεταλμένου της ΕΜΕΟ για την προμήθεια και απόκρυψη όπλων, ο οποίος τελικά παραδόθηκε στις Τουρκικές Αρχές. Ονομάστηκε λοχίας της Τουρκικής Χωροφυλακής και περιερχόταν με ειδικά συγκροτημένο απόσπασμα στην ύπαιθρο όπου μετά από υπόδειξή του βρέθηκαν πολλές αποθήκες οπλισμού και συνελήφθηκαν περισσότερα από 100 μέλη της ΕΜΕΟ.
Πέρα από τις έντονες ενέργειες για την εξεύρεση χρημάτων και ειδών οπλισμού, η ΕΜΕΟ δραστηριοποιήθηκε ιδιαίτερα και στον τομέα της προπαγάνδας. Οι ηγέτες της οργάνωσης, μετά τη διάσκεψη του 1896, έθεσαν κύρια επιδίωξη την κινητοποίηση του πληθυσμού των χωριών. Στο σκοπό αυτό υποβοήθησαν οι δάσκαλοι και οι καθηγητές των βουλγαρικών σχολείων.
Ο δάσκαλος της βουλγαρικής, ήταν ο κύριος προπαγανδιστής της ΕΜΕΟ, o πυρήνας για τη συγκρότηση της επιτροπής και της ένοπλης ομάδας κάθε χωριού. Με βάση τα βουλγαρικά σχολεία η ΕΜΕΟ επεκτάθηκε γρήγορα και δεν περιορίστηκε μόνο στην απλή συγκρότηση των επαναστατικών της επιτροπών και των ένοπλων ομάδων της. Συγχρόνως, επιδίωξε να εισχωρήσει στην οικονομική ζωή των χωριών και να εκτελεί αστυνομικά καθήκοντα. Στα χωριά όπου επικρατούσε η ΕΜΕΟ επιδίωκε να ρυθμίζει τις οικονομικές σχέσεις μεταξύ τσιφλικάδων και κολλήγων, εργοδοτών κι εργαζομένων, καθώς και να εισπράτει το φόρο της δεκάτης. Προσπαθούσε να αντικαθιστά την τουρκική δικαστική εξουσία και εξωθούσε τους χωρικούς να μην απευθύνονται για τις διαφορές τους στα τουρκικά δικαστήρια ή στους εκπροσώπους του Οικουμενικού Πατριαρχείου, αλλά να απευθύνονται στους κατά τόπους αντιπροσώπους της. Παράλληλα, οργάνωσε εκτελεστική αστυνομία, η οποία είχε τρομοκρατική δράση κι εκτελούσε αμέσως κάθε ύποπτο για τους σκοπούς της οργάνωσης ή καθένα που δεν ακολουθούσε τις εντολές της ΕΜΕΟ.
Η επέκταση των οργανώσεων της ΕΜΕΟ και η τάση μερικής ανεξαρτητοποίησής της από την άμεση επιρροή και κατεύθυνση της Βουλγαρικής Κυβέρνησης, προκαλούσε στην Κυβέρνηση σχετικές ανησυχίες. Οι ανησυχίες αυξήθηκαν μετά το 1898, όταν μερικές βαρχοβιστικές συμμορίες που είχαν έρθει στη Μακεδονία πέρασαν στην επιρροή φιλόδοξων μεμονομένων περιφερειακών κύκλων της ΕΜΕΟ και από λόγους προσωπικής αντιζηλίας ακολουθούσαν πολλές φορές την ίδια τακτική. Αυτό συνέβη με τις τσέτες του Μιχαήλ Ποπέτο, του Χρήστου Τσερνοπέεφ, Του Γεωργίου Ιβάνοφ-γνωστού ως Μάρκου Λερίνσκι, όλοι τους υπαξιωματικοί του βουλγαρικού στρατού. Το ίδιο συνέβη και με τον Γιάννε Σαντάνσκι, ο οποίος μπήκε δύο φορές στη Μακεδονία ως μέλος βαρχοβιστικής τσέτας.
Η Βουλγαρική Κυβέρνηση ανησυχούσε επίσης για το γεγονός της σταθερής διατήρησης της θέσης του ελληνισμού σε ολόκληρη τη σλαβόφωνη ζώνη της Μακεδονίας. Παρά τις επαγγελίες των εξαρχικών διακηρύξεων, οι σλαβόφωνοι Έλληνες της Μακεδονίας εξακολουθούσαν να παραμένουν προσκολλημένοι στον ελληνισμό και το Πατριαρχείο. Την εμμονή τους στον ελληνισμό, ούτε οι προπαγανδιστικές διακηρύξεις της ΕΜΕΟ κατόρθωσαν να καταρρίψουν, γιατί ο Μακεδόνας χωρικός γνώριζε από ένστικτο, ότι η δήθεν αυτονομιστική κίνηση της ΕΜΕΟ ταυτιζόταν τελικά με την εκκλησιαστική κίνηση της Βουλγαρικής Εξαρχίας. Οι ηγέτες και οι προπαγανδιστές της ΕΜΕΟ ήταν εξαρχικοί, δάσκαλοι της βουλγαρικής, κι αυτοί προέτρεπαν το λαό να απαρνηθεί το Πατριαρχείο και να προσχωρήσει στο Σχίσμα. Όσο κι αν φαινόταν διαφοροποίηση στην κορυφή τους, τα δύο βουλγαρικά κομιτάτα δηλαδή η Εξωτερική κι η Εσωτερική Οργάνωση, στη βάση τους παρουσίαζαν κοινή γραμμή δράσης κατά του ελληνισμού. Οι ηγέτες της ΕΜΕΟ παρά τις τυπικές διαφορές που τους διαχώριζαν από τη Βουλγαρική Εξαρχία και το Βουλγαρικό Κράτος, τελικά θα ταυτίζονταν ολοκληρωτικά μαζί τους και το Μακεδονικό Ζήτημα θα κατέληγε σε ελληνο-βουλγαρικό αγώνα.
