H ονομασία Μινώα, σύμφωνα με τον Διόδωρο τον Σικελιώτη, συνδέεται με τον μυθικό βασιλιά της Κρήτης, Μίνωα, ο οποίος καταδίωξε τον Δαίδαλο, τον αρχιτέκτονα του Λαβύρινθου, μέχρι τη Σικελία, και εκεί ίδρυσε την πόλη. Ο ιστορικός αφηγείται την ανασκαφή του τάφου του Μίνωα, που είχε επικαλυφθεί από έναν ναό της Αφροδίτης, και την επιστροφή των οστών του Μίνωα στους Κρητικούς από τον τύραννο του Ακράγαντα. Η ονομασία Ηράκλεια πιθανότατα προστέθηκε αργότερα, προς τιμήν του ένδοξου προγόνου, από αποίκους Σπαρτιάτες που έφθασαν οτη Μινώα στα τέλη του 6ου αι.π.Χ.
Σε όλη τη διάρκεια του 5ου αι. π.Χ. η πόλη βρισκόταν υπό την κυριαρχία των Ακραγαντίνων. Το 409 π.Χ. οι Καρχηδόνιοι εισέβαλαν στην πόλη, και ακολούθησε η καταστροφή της και ο αφανισμός του πληθυσμού. O Διονύσιος Α' των Συρακουσών παρέδωσε στους Καρχηδονίους την Ηράκλεια, η οποία έλαβε την καρχηδονιακή ονομασία Ρας Μελκάρτ. Το 345 πχ. οι Έλληνες υπό τον Τιμολέοντα την επανέκτησαν και αποκατέστησαν τη δημοκρατία, αλλά αργότερα οι Καρχηδόνιοι έγιναν ξανά κύριοι της πόλης. Αυτή τη φορά, όμως, οι κάτοικοι αφέθησαν ελεύθεροι και εγκαταστάθηκαν σε άλλα ελληνικά κέντρα της Σικελίας. Στο τέλος του 4ου αι. π.Χ. ο Αγαθοκλής κατέλαβε την πόλη, της οποίας ο πληθυσμός ήταν πλέον μεικτός (Ελληνες και Καρχηδόνιοι), ενώ το 277 κατακτήθηκε από τον Πύρρο. Τέλος, το 206 π.Χ πέρασε στα χέρια των Ρωμαίων έπειτα από μια νέα καρχηδονιακή κατοχή.
Το τοπογραφικό σχέδιο της πόλης όπως φαίνεται από αεροφωτογραφίες), που χρονολογείται στον 4ο-3ο αι. π.Χ., αποτελείτο από ορθογώνια οικοδομικά τετράγωνα με προσανατολισμό ανατολικοδυτικό. Αυτή την περίοδο, που συμπίπτει με την εποχή του Τιμολέοντα, η αποικία έφθασε στο απόγειο της ακμής της. Τότε χρονολογείται και η οικοδόμηση του θεάτρου, καθώς και η πρώτη ανακατασκευή των τειχών με την προσθήκη πύργων και πυλών σε όλο το μήκος τους.
Το κοίλο του θεάτρου, το οποίο κτίστηκε γύρω στο 320-300 π.Χ και είναι στραμμένο προς τη θάλασσα (σήμερα είναι καλυμμένο με σκέπαστρο), σκάφτηκε στον σαθρό βράχο του λόφου, έχοντας ως πρότυπο το θέατρο του Διονύσου της Αθήνας σε ημικυκλική μορφή με τα πλαϊνά ελαφρώς επιμηκυσμένα. Οι δέκα σειρές εδωλίων αναπτύσσονταν σε εννέα κλίμακες και βρίσκονταν —όπως συνηθιζόταν— πίσω από την προεδρία την πρώτη σειρά εδωλίων που προορίζονταν για ιερείς και αξιωματούχους , της οποίας τα εδώλια διέθεταν πλάτη και μπράτσα. Από τη σκηνή του θεάτρου σώζονται ελάχιστα λείψανα. Στον λόφο όπου βρίσκεται το θέατρο έχουν ανακαλυφθεί ίχνη από ένα ελληνιστικό ιερό και από δύο νεκροπόλεις, της αρχαϊκής και της ελληνιστικής εποχής, αντίστοιχα. Τα τείχη, κτισμένα πιθανόν στα τέλη του 6ου αι. π.Χ, ανακατασκευάστηκαν γύρω στο 320-313 π.Χ με την προσθήκη πύργων και πυλών. Ενισχύθηκε επίσης η ανατολική πλευρά των τειχών, η λιγότερο οχυρωμένη, με τη χρήση μιας τεχνικής που είχε χρησιμοποιηθεί και στις οχυρώσεις της Γέλας: τα κατώτερα τμήματα αποτελούνταν από μεγάλες τετράγωνες πέτρες και επάνω σε αυτές κατασκευάστηκαν τα τείχη από ωμές πλίνθους
Εκείνη την εποχή πρέπει να συνέβη συρρίκνωση των κατοικημένων περιοχών και συγκέντρωσή τους στην ανατολική πλευρά της πόλης, ίσως έπειτα από καθιζήσεις και διαβρώσεις του εδάφους. Στην τρίτη φάση ανάγεται η κατασκευή ενός κυκλικού οχυρώμαιος που συμπληρώνει ένα προηγούμενο τετράγωνο, επίσης οτην ανατολική πλευρά. Μια νέα ενίσχυση του πάχους των τειχών συνεπεσε με τις εξεγέρσεις των δούλων κατά τη ρωμαϊκή εποχή. Τα ερείπια των ιδιωτικών κτιρίων, από ωμές πλίνθους και πέτρες, ανάγονται όπως και οι δρόμοι και οι πύλες των ανατολικών τειχων στην εποχη της εγκατάστασης του ρωμαϊκού πληθυσμού στην πόλη. Τα ερείπια αυτα επικαλύπτουν τις πιο πλούσιες κατοικίες της ελληνιστικής εποχης.
Πηγή: Εκδ. ΔΟΜΗ, τ. 21
