Από την ώρα της εισόδου του Υψηλάντη στην Αυστρία άρχιζε ένα νέο μαρτύριο γι' αυτόν και τους συντρόφους του. O Καποδίστριας (όπως αναφέρει στην Αυτοβιογραφία του) πρότεινε στον τσάρο να ζητηθεί η έκδοσή του στη Ρωσία, όπου θα τιμωρείτο, εφόσον αποδεικνυόταν η ενοχή του. H πρόταση απορρίφθηκε από τον τσάρο υπό την πίεση των γεγονότων, αφήνοντας τον Έλληνα πρίγκιπα στη διάθεση του Μέττερνιχ. Μολονότι η αυστριακή κυβέρνηση υποσχέθηκε την ελεύθερη διάβαση από τα εδάφη της του Υψηλάντη και των συντρόφων του, τελικά τους συνέλαβε ως πολιτικούς αιχμαλώτους και τους φυλάκισε στο υγρό φρούριο Μούνκατς (Munkatz) στην Ουγγαρία. Στη νέα του περιπέτεια ο Υψηλάντης είχε το ψευδώνυμο κόμης Schönwarth.
Εκεί έμειναν φυλακισμένοι και απομονωμένοι για δύο χρόνια. Όταν τον Ιούλιο του 1821 προσπάθησε να τους επισκεφθεί ο Εμμανουήλ Ξάνθος, δεν του επετράπη καμία επικοινωνία O Μέττερνιχ υποχρέωσε τους αδελφούς Υψηλάντη να επιβαρυνθούν οι ίδιοι τα έξοδα της αιχμαλωσίας τους. Από το Κισνόφ η μητέρα τους, πριγκίπισσα Ελισάβετ Υψηλάντη, φρόντιζε για την αποστολή των εμβασμάτων για τα έξοδα της συντήρησής τους. H αλληλογραφία με τους γιους της, που έχει δημοσιευθεί, είναι πολύ συγκινητική. Οι απάνθρωπες και ανθυγιεινές συνθήκες του Μούνκατς έπληξαν ανεπανόρθωτα την υγεία του Υψηλάντη. Έπειτα από αλλεπάλληλες εκκλήσεις και καταγγελίες του για τις άθλιες συνθήκες διαβίωσής του καθώς και τη σχετική ιατρική βεβαίωση, μεταφέρθηκε με τους συντρόφους του στο φρούριο Τερέζιενστατ (Theresienstadt) της Βοημίας όπου έμειναν από τον Αύγουστο του 1823 έως τον Νοέμβριο του 1827.
Τα χρόνια αυτά της απομόνωσης ήταν εφιαλτικά για τον Αλέξανδρο Υψηλάντη. Δεν ήταν μόνο οι ταπεινωτικές συνθήκες της φυλακής οι επικρίσεις που δεχόταν και οι εις βάρος του συκοφαντίες για τη στάση του στην Επανάσταση, αλλά και η άδικη συμπεριφορά των δύο αδελφών του, Γεώργιου και Νικόλαου, οι οποίοι τον θεωρούσαν υπεύθυνο για τη συμφορά τους και γι' αυτό μάλιστα ο Νικόλαος επί δυόμισι χρόνια δεν του μιλούσε. O Αλέξανδρος στη φυλακή άρχισε να γράφει τα απομνημονεύματά του για την εκστρατεία στη Μολδοβλαχία, προκειμένου να αποκαταστήσει την υπόληψή του. Επίσης, για να διασκεδάσει τη μοναξιά και την πίκρα του, έγραψε ένα μυθιστόρημα και μερικά ποιήματα. Επειδή όμως του ζητήθηκαν τα κείμενά του λόγω της αυστηρής επιτήρησης στην οποία ζούσε, αγανακτισμένος τα έκαψε.
Μετά την αποφυλάκιση του Υψηλάντη τον Νοέμβριο του 1827, η κλονισμένη υγεία του δεν του επέτρεψε να ζήσει για πολύ. Για τις τελευταίες ημέρες της ζωής του Αλέξανδρου Υψηλάντη στη Βιέννη, ενδιαφέρουσες πληροφορίες αντλούνται από το ημερολόγιο της στενής του φίλης, Λουλού Τυρχάιμ η οποία μαζί με την αδελφή της κόμισσα Κωνσταντία Ραμουζόφσκυ, μεσολαβούσε στον Μέττερνιχ και στον Ρώσο πρέσβη στη Βιέννη, Τατίτσεφ, για την απελευθέρωσή του,
Πέθανε καταπονημένος και εξαντλημένος στη Βιέννη στις 31 Ιανουαρίου 1827, περίπου τον ίδιο καιρό που ο Καποδίστριας ξεκινούσε το ταξίδι του για την Ελλάδα, τη διακυβέρνηση της οποίας θα αναλάμβανε. Πέθανε στο πανδοχείο το χρυσούν απίδιον της Βιέννης «εξ υδρωψίας του στήθους και του καρδιακού θυλακίου». Τάφηκε στις 2 Φεβρουαρίου στο αυστριακό τμήμα του νεκροταφείου Σανκτ Μαρξ και την 1η Αυγούστου του ίδιου έτους στο ελληνικό-ορθόδοξο τμήμα. Στις 18 Φεβρουαρίου 1903 έγινε εκταφή των οστών, τα οποία τοποθετήθηκαν σε μία μεταλλική σαρκοφάγο και μεταφέρθηκαν στον οικογενειακό τάφο των Υψηλάντη-Σίνα στο Ραππόλτενκίρχεν κοντά στη Βιέννη. Ύστερα από πολλά χρόνια, τον Αύγουστο του 1964, έγινε νέα εκταφή των οστών του Υψηλάντη και εναποτέθηκαν οε μαρμάρινο μνημείο οτην εκκλησία των Ταξιαρχών οτο Πεδίο του Αρεως στην Αθήνα.
Πηγή: ΙΣΤΟΡΙΑ ΤΩΝ ΕΛΛΗΝΩΝ, Εκδ. ΔΟΜΗ, τ.11
